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내용 구성 Phylosymbiosis는 "microbial community relationships that recapitulate the phylogeny of their host"를 말한다. 즉, host phylogenetic relationships와 host-associated microbial community relationships와의 유의미한 연관성을 의미한다 ("a link between host evolutionary relationships and microbial diversity"). 그래서 closely related species가 distantly related species보다 더 유사한 microbiomes를 가질 때 phylosymbiosis가 있다(presence ..

내용 구성 14년에 걸쳐 585 wild baboons (Papio cynocephalus)로부터 모은 16,234개의 gut microbiome profiles를 분석한 논문. 대부분의 microbiome phenotypes가 유의미하게 heritable하다는 것을 밝혀냈다 (많은 수의 heribale taxa, 부모로부터 자식으로 전달됨). 기존 다른 연구들이 굉장히 적은 수의 heritable taxa를 밝혀낸 이유는 cross-sectional studies였고 environment variables를 잘 통제하지 않았기 때문일 수 있다고 한다 (이 연구에서도 샘플을 한정해서 분석했을 때 적은 수의 heritable taxa만 나왔다). 그래서 사람에서도 heritable taxa가 더 있을 수 ..

정리 사람을 포함한 60종의 포유류로부터 유래한 마이크로바이옴 샘플을 분석함. Host diet와 phylogeny가 bacterial diversity에 영향을 미친다는 것을 보여줌. 네트워크 분석도 진해함: 각 종과 OTU를 노드로, 포함 관계를 엣지로. 미생물 다양성은 육식

정리 900여 종에 달하는 척추동물에서 유래한 샘플을 분석한 논문 Nonflying mammals의 경우, host diet와 host phylogenetic distance (host order level까지)는 gut microbiota와의 상관 관계가 있었지만 (그룹끼리 서로 비슷한 구성을 가짐), 조류의 경우, diet나 host phylogeny와 약한 상관관계를 보였다 (low levels of phylosymbiosis). 또한 mammalian guts에서는 대부분의 세균이 host specific했지만, 조류는 host specificity가 거의 없었다 (각각의 ASV에서 host taxonomic order가 차지하는 비율을 mammals와 birds로 나누어 확인, Figure 3)..

정리 Host evolutionary histor와 diet가 모두 gut microbiome diversity에 영향을 미치며, 이와 관련된 microbial taxa를 확인한 논문. 참고 Wild와 captive animaly은 서로 다를 수 있기 때문에 주로 wild animal에 대해서 분석함. 샘플마다 가지고 있는 OTU가 굉장히 달랐기 때문에 주로 presence-absence로 diversity 분석을 하였다. 종의 Relative abundances를 구할 때 평균을 내지 않고, 그 종에 해당하는 모든 샘플에서 subsampling을 진행하여 분석하였다 (5000 reads씩). Microbiome의 vertical transmission도 존재: 부모로부터 자식으로 microbiome이 ..

Candidate phyla radiation (CPR group, Patescibacteria)이란, 배양되지 않고 metagnomics나 single cell sequencing에 의해서만 알려진 세균들의 분류군이다. 굉장히 작기 때문에 nanobacteria나 ultra-small bacteria라고도 불린다. Genome size도 작고 합성에 관여하는 유전자도 없기 때문에 공생하며 사는 세균으로도 여겨진다 [참조1, 참조2]. 실제로는 70 phyla 이상으로 분류될 수 있다는 주장도 있고, 하나의 phylum이라는 주장도 있다. 기존 세균과는 다른 16S rRNA gene 구조를 가지고 있어서 16S amplicon sequencing에서는 발견되지 않는다. 더 공부해봐야 알겠지만, 실제로 있..

MDB (Microbiome database)에서는 1) microbiome sample의 sequencing resource와 metadata가 정리되어 있고 (taxonomic profiling은 제공하지 않는다), 2) gene catalog 및 3) genome catalog를 확인할 수 있다. https://db.cngb.org/microbiome/ MDB: Microbiome Database for sequencing, research, project - CNGBdb MDB: Microbiome Database Microbiome database involves the sequencing resource and metadata of ecological community samples of mi..

정리 Earth Microbiome Project은 지구의 microbial communites를 최대한 많이 샘플링하여 microbiome과 환경 간의 관계를 파악하기 위한 프로젝트이다. 위 데이터를 법의학적 정보(forensic information)로도 사용할 수 있는 것을 목표로 한다: 마이크로바이옴을 분석하여 어디에서 유래했는지 파악. Reference Thompson, Luke R., et al. "A communal catalogue reveals Earth’s multiscale microbial diversity." Nature 551.7681 (2017): 457-463. https://www.futurity.org/earth-microbiome-project-1595972/

쉽게는 딥러닝은 기계학습의 한 분야이고, 기계학습은 인공지능의 한 분야라고 이해하면 된다. 그래서 "딥러닝 ⊂ 기계학습 ⊂ 인공지능" 이다. 인공지능 (AI) 인공지능이란 인간처럼 생각하거나 행동하는 기계를 말하며, 이는 (인간처럼) 합리성을 가진 소프트웨어나 하드웨어를 말한다. 기계 학습 (머신 러닝, ML) 기계 학습은 인공지능 (AI)의 한 분야이기 때문에 AI를 "기계 학습이 아닌 AI"와 "기계 학습 기반 AI"로 나눌 수 있다. 전자는 규칙 기반의 AI로 "실내 온도가 몇 도 이상일 때 에어컨을 가동한다" 등의 규칙이 포함된다. 후자는 데이터로부터 학습하는 것으로 특정 업무 수행 능력이 점차 증가되는 AI이다. 기계 학습의 종류에는 다음이 있다. ① 지도학습 (Supervised learnin..

정리 Reanalysis를 위해 SRA나 MG-RAST에서 metagenomic data를 구할 수는 있지만 쉽지 않다: metadata가 엉망인 경우가 있기 때문. HumanMetagenomeDB는 69,822개 metagenomes의 metadata를 정리해두었다. 그래서 human metagenome을 얻고 싶다면 이 데이터베이스를 먼저 이용하여 필요한 것을 탐색하기 좋을 것 같다. Reference Kasmanas, Jonas Coelho, et al. "HumanMetagenomeDB: a public repository of curated and standardized metadata for human metagenomes." Nucleic Acids Research 49.D1 (2021): ..