[Article] Host diet와 evolutionary history는 gut microbiome에 영향을 줄 수 있다

정리

• Host evolutionary histor와 diet가 모두 gut microbiome diversity에 영향을 미치며, 이와 관련된 microbial taxa를 확인한 논문.

 

참고

• Wild와 captive animaly은 서로 다를 수 있기 때문에 주로 wild animal에 대해서 분석함.
• 샘플마다 가지고 있는 OTU가 굉장히 달랐기 때문에 주로 presence-absence로 diversity 분석을 하였다.
• 종의 Relative abundances를 구할 때 평균을 내지 않고, 그 종에 해당하는 모든 샘플에서 subsampling을 진행하여 분석하였다 (5000 reads씩).
• Microbiome의 vertical transmission도 존재: 부모로부터 자식으로 microbiome이 전달.
• NCBI Taxonomy: Taxonomy 확인 가능
• PanTHERIA database: Species level에서 life history, ecology, geography를 확인 가능.
• TimeTree database: host phylogenetic tree 생성 가능 [참조]

 

이 논문의 참조문헌

• Host diet와 phylogeny가 animal intestinal microbiome에 영향을 미친다는 논문 [참조1, 참조2, 참조3, 참조4, 참조5]
• Diet가 영향을 미칠 수 있다는 논문 [참조1, 참조2]
• Host genetics가 영향을 미칠 수 있다는 논문 [참조1, 참조2]

 

Reference

• Youngblut, Nicholas D., et al. "Host diet and evolutionary history explain different aspects of gut microbiome diversity among vertebrate clades." Nature communications 10.1 (2019): 1-15.