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Metabolites (대사체)는 효소를 통해 이루어지는 metabolism의 intermediate or end product를 의미하며, 주로 sugar, lipid, amino acids, nucleotides 등의 small molecules를 의미한다 (proteins와 비교하여 더 작다) [1,2]. 크게 primary metabolite와 secondary metabolite로 구분할 수 있다.Primary metabolite: 생장과 관련된 metabolite.Secondary metabolite: 생장과 관련되지 않은 metaboliteMetabolites는 Biocrates사 제품을 통해 targeted 방식으로 측정하거나, LC-MS를 통해 targeted/untargeted 방식으로..

ChatGPT에게 Prebiotics, Probiotics, Synbiotics, Postbiotics, Pyschobiotics의 개념에 대해서 물어보았다. Prebiotics: Non-digestible food ingredients that selectively stimulate the growth of beneficial bacteria. Inulin, fructooligosaccharides (FOS)등이 해당. Probiotics: Live microorganisms that, when administered in adequate amounts, confer health benefits. Lactobacillus, Bifidobacterium 등이 해당. Synbiotics: Combinati..

Nature Method 저널에서는 매년 초 작년 한 해 주목 받았던 분석 기술을 선정한다 🎉. Year Method of the Year Reference 2022 Long-read sequencing [7] 2021 Protein structure prediction [6] 2020 Spatially resolved transcriptomics [5] 2019 Single-cell multimodal omics [4] 2018 Imaging in freely behaving animals [3] 2017 Organoids [2] 2016 Epitranscriptome analysis [1] 2022년은 long-read sequencing이 선정되었다. 기술이 발전하여 점점 더 길게 sequencin..

Nature Method 저널에서는 매년 초 작년에 가장 주목받았던 분석 기술을 선정한다. Method of the Year Reference 2021 Protein structure prediction [6] 2020 Spatially resolved transcriptomics [5] 2019 Single-cell multimodal omics [4] 2018 Imaging in freely behaving animals [3] 2017 Organoids [2] 2016 Epitranscriptome analysis [1] 2021년은 Protein structure prediction이 그 자리를 빛냈다. 이는 AlphaFold2가 발표되어 단백질 구조 예측에 큰 기여를 했기 때문인 것 같다. [7..

바이오산업은 크게 3가지로 구분이 될 수 있다: 레드 바이오 (RED BIO), 그린 바이오 (GREEN BIO), 화이트 바이오 (WHITE BIO). 레드 바이오: 의료·제약 분야 (백신, 신약 개발, 진단 등) 그린 바이오: 농업·식품 분야 (GMO 등) 화이트 바이오: 환경·에너지 분야 (바이오연료 등) Reference https://www.ajunews.com/view/20190429123006125 https://blog.lgchem.com/2016/10/27_2_bio-industry/

그림으로 이해하면 쉽다. Antigen: 항체에 의해 인식되는 항원 (병원체의 unique molecule). Antibody: 항원을 인식하는 항체 (B cell receptor(BCR)와 같은 sequence를 가진다). Epitope: 항원의 일부로, 항체의 paratope와 결합할 수 있다. Paratope: 항체의 일부로, 항원의 epitope와 결합할 수 있다. Reference https://en.wikipedia.org/wiki/Antibody

생물학 실험에서 in silico, in vitro, in vivo, ex vivo라는 용어가 자주 등장한다. 이들은 다음과 같이 정의된다. in silico experiment: 컴퓨터 시뮬레이션을 바탕으로 진행되는 실험을 의미한다 (컴퓨터 칩 속 실리콘 내를 의미). in vitro studies: 플레이트나 시험관 등 일반적이지 않은 환경에서 미생물, 세포, 분자 등을 이용하여 진행되는 연구를 의미한다 (유리병 내를 의미). in vivo studies: 살아있는 온전한 개체(분리한 조직이나 죽은 개체가 아님)로부터 진행하는 실험을 의미한다 (살아있는 개체 안을 의미). ex vivo: 개체로부터 분리한 조직(tissue)을 대상으로 한 실험을 의미한다 (살아있는 개체 밖을 의미). 보통 in si..

Related to Genome 사람 유전체에 존재하는 protein coding genes의 수: 21,306 genes (1) (전체 유전체의 1% 가량) Human gene의 길이: 50-100kb Human gene이 평균적으로 가진 exons의 수: 6-9 exons 사람 exon의 평균적 길이: 200-300b 사람 intron의 평균적 길이: 5-10kb 사람의 유전체 길이: 6.4 billion base pairs (diploid 기준) (3) 대장균 (Escherichia coli)의 유전체 길이: 4.6 million bases (2) 세균의 유전체 길이: 0.5~16 million bases Related to Metagenome 세균의 16S rRNA gene의 길이: ~1,500 ..

먼저 exon, intron, CDS의 관계는 다음과 같이 정리될 수 있다. DNA로부터 전사를 통해 precursor mRNA (pre-mRNA)가 생성되면 RNA splicing을 거쳐 mature mRNA가 된다. 이때 introns는 잘려나가고 exon만 이어붙는다 (1). 이때 단백질을 코딩하는 부분을 coding region 혹은 CDS (coding sequence)라고 부른다 (2). 즉, exon은 단지 splicing pattern을 나타내며, CDS는 exon 중간에서 exon 중간까지 이어질 수 있다. Open reading frame (ORF)이란 단백질로 번역될 수 있는 부분 (시작 codon + 종결 codon)을 말하며, 이 중에서 실제로 단백질로 발현될 수 있는 부분이 CD..

단백질을 정량하고 (quantify) 어떤 단백질인지 알기 위해 (identify) mass spectrom을 사용할 수 있다. 크게 4가지 단계로 구분할 수 있다: 1) Sample preparation, 2) Multi-dimensional separation, 3) Ionization, 4) Mass analysis 1. Sample preparation 단백질을 분석할 때 보통은 뽑은 단백질을 peptide로 분리한 후 분석한다. Peptide에는 label을 달아준다. 이때 label은 색이 아니라 무게를 이용한 label을 사용한다. 대표적인 것으로 ICAT (for MS1), iTRAG (for MS2), TMT (for MS2)가 있으며, TMT가 한번에 할 수 있는 샘플 수가 가장 많기 ..