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[생물정보학] 배양하지 못한 미생물의 유전체: SAG와 MAG

일반적으로 세균 등의 미생물 유전체(genome)를 얻기 위해서는 배양(culture)을 하고, 생성된 colony로부터 DNA를 얻는 과정이 필요하다. 하지만 최근에는 이런 배양 과정 없이 미생물의 유전체를 얻는 방법이 등장하고 있으며, 그러한 유전체의 종류에는 single amplified genome (SAG)와 metagenome-assembled genome (MAG)이 있다. 이 논문에 SAGs와 MAGs의 역사 (Figure 1) 및 생성 과정 (Figure 2)이 잘 나와있다. 생성 과정을 요약하면 아래와 같다. Single amplified genome (SAG) Environmental sample Single-cell isolation & Whole genome amplificatio..

[Review] 동물의 phylosymbiosis 및 이를 형성하게 하는 요인

내용 구성 이 논문에서는 동물의 어느 clade에서 phylosymbiosis가 관찰되는지 정리하였고, Phylosymbiosis의 driver를 host가 미치는 영향, microbes가 미치는 영향 2가지로 나눠서 설명하고 있다. Host가 미치는 영향에는 Vertical transmission, Horizontal transmission 등이 있고, Microbes가 미치는 영향에는 Niche construction, Priority effects 등이 있다. 일반적으로 phylosymbiosis는 taxonomically richer microbiomes에서 덜 발견되는데, 이는 richer microbiomes일수록 microbiome이 형성되는 데 있어 stochasticity가 높기 때문이라..

Study/Paper Summary 2021.07.18

[QIIME2] 주로 사용하는 QIIME2의 plugins 정리

Amplicon data를 분석할 때 주로 사용하는 QIIME2의 plugins를 정리하였다. 전체 plugin 목록 (2021.4 기준) 주로 사용하는 plugin과 pipeline, methods, visualizers는 bold로 표시하였다. alignment: Plugin for generating and manipulating alignments. Methods mafft: De novo multiple sequence alignment with MAFFT mafft-add: Add sequences to multiple sequence alignment with MAFFT. mask: Positional conservation and gap filtering. composition: Plugi..

[GitHub] 개발을 위한 Branch 관리 (Upstream, Origin, Local repository)

Branch 관리에 대한 포스팅이다. 아직 부족한 점이 많은데, 새로 알게되거나 수정해야할 내용이 있으면 업데이트할 예정. 현재 내가 어떤 식으로 개발을 하고 있는지에 대한 내용으로 이해하면 될 것 같다. 작업 환경 세팅 위 그림이 전체적인 작업 환경이다. 특정 서비스에 대하여 여러 개발자가 협업하는 상황에서 Upstream repository의 master branch는 현재 서비스되는 내용으로 이해하면 된다. 이 서비스 업데이트에 참여하기 위해 내 개인 GitHub 계정에서 Upstream repository를 folk한다. 그러면 '[관리자 계정]/[프로젝트 명]'과 별개로 '[내 계정]/[프로젝트 명]'이 생성된다. 전자가 Upstream repository, 후자가 Origin repositor..

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