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Related to Genome 사람 유전체에 존재하는 protein coding genes의 수: 21,306 genes (1) (전체 유전체의 1% 가량) Human gene의 길이: 50-100kb Human gene이 평균적으로 가진 exons의 수: 6-9 exons 사람 exon의 평균적 길이: 200-300b 사람 intron의 평균적 길이: 5-10kb 사람의 유전체 길이: 6.4 billion base pairs (diploid 기준) (3) 대장균 (Escherichia coli)의 유전체 길이: 4.6 million bases (2) 세균의 유전체 길이: 0.5~16 million bases Related to Metagenome 세균의 16S rRNA gene의 길이: ~1,500 ..

신뢰 구간의 추정 1. 모평균의 신뢰 구간: 평균(표본통계량)의 분포 이용 1.1. 모분산을 알 때: normal distribution 1.2. 모분산을 모를 때: t-distribution 2. 모비율의 신뢰 구간: 비율(표본통계량)의 분포 이용 (normal distribution) 3. 모분산의 신뢰 구간: 분산(표본통계량)의 분포 이용 (Chi-squared distribution) 4. 모상관계수의 신뢰 구간: 상관계수(표본통계량)의 분포 이용 4.1. ρ≠0: normal distribution (신뢰 구간의 추정에 이용) 4.2. ρ=0: t-distribution (무상관 검정에 이용) 가설 검정 1. 특정 값 (모평균)과 표본평균 검정 (표본평균과 특정 값이 차이가 있는지) 1.1. 데..

Sequence Analysis Sequence quality control BBDuk (BBTools): Trimming and quality filtering. Assembly SPAdes $ spades.py -1 read_1.fastq.gz -2 read_2.fastq.gz -o ./assembled --only-assembler MEGAHIT Coverage calculation BBMap: final assembly에 reads를 mapping하여 depth of coverage를 계산. SNP calling MUMMER # Align two genomes with MUMMER. mummer reference.fasta assembled/scaffolds.fasta > result/aligne..

[GIT] 기초: Do it! 지옥에서 온 문서 관리자 깃 & 깃허브 입문 [JAVA] 기초: 이것이 자바다 [MySQL] 기초: 이것이 MySQL이다 [PYTHON] 기초: 파이썬 철저 입문 Pandas: Do it! 데이터 분석을 위한 판다스 입문 [SERVER] Linux 기초: 이것이 리눅스다 [STATISTICS] 기초: 통계학 도감 [WEB] HTML, CSS: HTML5+CSS3 웹 표준의 정석 JavaScript: 자바스크립트+제이쿼리 입문 [ETC] 정규표현식 연습: regexr.com/