MDB (Microbiome database)에서는 1) microbiome sample의 sequencing resource와 metadata가 정리되어 있고 (taxonomic profiling은 제공하지 않는다), 2) gene catalog 및 3) genome catalog를 확인할 수 있다.
https://db.cngb.org/microbiome/
MDB: Microbiome Database for sequencing, research, project - CNGBdb
MDB: Microbiome Database Microbiome database involves the sequencing resource and metadata of ecological community samples of microorganisms, including both host-associated or environmental microbes. This database provides detailed and accurate metadata of
db.cngb.org
특히 Gene catalog와 genome catalog를 확인할 수 있다는 점이 인상 깊었다.
Gene Catalog
Gene catalog는 metagenome sample에 존재하는 모든 유전자의 집합체로 이해하면 된다. 현재 MDB에서는 사람과 모델 동물로부터 얻은 샘플에서 gene catalog를 만들어 제공하고 있다.
- Human gut (9.9M)
- Human gut (11M)
- Human gut (10.9M)
- Macaca Fascicularis gut
- Mouse gut
- Pig gut
- Rat gut
각각의 reference도 해당 페이지 하단에서 확인 가능하다. Nature Biotechnology 등의 저널에 개제되었다 😦.
Genome Catalog
Genome catalog는 특정 환경에서 얻어낸 metagenome-assembled genomes (MAGs)의 집합체로 이해하면 된다. 현재 MDB에서는 사람의 입속에서 얻어낸 56,213개의 MAGs를 제공하고 있다.
- Human oral (V1.0)
'Bioinformatics > Metagenomics' 카테고리의 다른 글
| [생물정보학] 마이크로바이옴 데이터 분석 방법 및 개념 (amplicon data) (0) | 2021.07.27 |
|---|---|
| [Alpha diversity] Diversity metrics 비교 (Species richness, Species evenness) (0) | 2021.07.27 |
| [용어 설명] Microbiome, Microbiota, Metagenome 차이 (0) | 2021.07.01 |
| [QIIME2] 주로 사용하는 QIIME2의 plugins 정리 (0) | 2021.03.31 |
| [QIIME2] QIIME과 관련된 Data resources (0) | 2021.03.31 |