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정리 Human Pan-Microbe Communities (HPMC) database는 human fecal metagenomic samples를 분석하여 정리하였다. 두 개의 그룹으로 나누어 샘플에서 특정 세균이 존재하는지 확인할 수 있다. 반대로 특정 세균이 어떤 샘플에 존재하는지 확인할 수 있다. 링크: http://www.hpmcd.org/ Reference Forster, Samuel C., et al. "HPMCD: the database of human microbial communities from metagenomic datasets and microbial reference genomes." Nucleic acids research 44.D1 (2016): D604-D609.

세균의 genome sequence를 얻었을 때, 이 세균이 어떤 세균인지 알기 위해서는 reference database와 비교해야한다. 그러한 과정에 EzBioCloud를 활용할 수 있는데, 이를 소개하고자 한다. EzBioCloud (https://www.ezbiocloud.net/)는 세균의 genome sequence 및 16S rRNA gene sequence를 모아놓은 데이터베이스이다. 단순히 sequence만 모아놓은 것이 아니라 이를 활용할 수 있는 다양한 툴을 제공하는데, 이를 이용해서 세균 동정을 할 수 있다. 다음과 같은 과정으로 진행된다. Genome sequence로부터 16S rRNA gene sequence 뽑아내기 [ContEst16S] 16S rRNA gene sequen..

정리 위 저자들이 bistable toggle network 찾는 알고리즘 (BioFENCE)를 만들고, 이를 Yeast에 적용하여 6개의 알려진 network와 5개의 알려지지 않은 네트워크를 찾았다는 내용 (실험으로도 검증) Toggle network란 아래 그림의 파란색 부분으로서, n개의 protein node로 구성된 nonredundant directed loop을 말한다 (with even number m inhibitory edges, n-m activating edges). Toggle network가 bistable하다는 것은: 1) C를 넣어주면 A activation되면서 계속 [A: 많음, B: 적음] 상태로 유지되고, 2) D를 넣어주면 B가 activation되면서 계속 [B:..

정리 Host factors에는 host genetic factors (HGFs)와 host immune factors (HIFs)가 있다. GIMICA (Host Genetic and Immune Factors Shaping Human Microbiota)는 세균과 host factors와의 관계를 파악하기 위한 데이터베이스이다. 세균을 검색하면 이와 관련된 host factors에는 무엇이 있는지 알려준다: 예를 들어, Escherichia coli를 검색하면 VIPR2이 없을 때 Escherichia가 증가한다는 논문이 있다는 사실을 알 수 있다. 반대로 host factors를 검색했을 때 이와 관련된 세균도 보여준다. 데이터베이스를 만들 때는 각 세균이 human과 어떤 관련이 있는지 문헌 조사..

정리 Fence lizards, house mice, chimpanzees, humans의 gut microbiotas를 culturing을 통해 알아본 연구. 일반적으로 분석하듯이 culture-independent sequencing이 아닌 culture를 통해 세균을 확인하였다는 점에서 의의가 있다. 하지만 네 종의 동물을 사용한 연구인데 vertebrate species라고 표현한 점은 좀 과장된 것 같았다. Reference Goldman, Samantha L., et al. "Culture‐enriched community profiling improves resolution of the vertebrate gut microbiota." Molecular ecology resources (20..

논문 작성 시 자신이 어디에서 funding을 받고 있었는지 적어줘야 한다. 이때 Funding agency 이름이 확실하지 않다면 다음 사이트에서 이름을 검색하여 확인해볼 수 있다. https://search.crossref.org/funding Crossref Metadata Search Search funders connected to published works with funding data search.crossref.org

일반적으로 저널은 높은 화질의 figure를 요구한다 (ex. 600dpi 이상). 이를 위해 어도비 일러스트레이터 (Adobe Illustrator)를 활용할 수 있는데, 이를 설명하고자 한다. 먼저 파일은 형식과 칼라모드에 따라 나눠질 수 있는데, 논문의 투고 규정을 보고 이에 맞게 설정해야 한다. 파일 형식은 Bitmap과 Vector로 나뉜다. Bitmap: 확대하면 깨짐 (TIFF, JPEG, GIF, PNG). Vector: 확대해도 선명 (AI, EPS, SVG). 칼라모드는 RGB와 CMYK로 나뉜다. RGB CMYK Figure를 그리고 고해상도로 저장하는 전체적인 과정은 다음과 같다. PowerPoint에서 작업 후 PDF로 저장 일러스트레이터에서 PDF를 불러오기 일러스트레이터에서 추..

이공계 학술 논문을 어떤 순서로 작성하면 좋을지에 대해 포스팅하고자 한다: 1) 저널 선택, 2) 참고 논문 읽기, 3) 아웃라인 작성, 4) Table & Figure 작성, 5) 논문 초고 작성, 6) 논문 수정, 7) Cover letter 작성, 8) Revision 1. 저널 선택 어떤 저널인지에 따라 논문의 방향성이 달라질 수 있으므로 저널을 먼저 정하는 것이 좋다. 저널이 다루는 범위에 내 논문이 포함되는지, 내 논문과 비슷한 주제가 저널에 포함되었는지 등을 확인하여 저널을 정한다 (살짝 높은 저널에 먼저 도전해보는 것이 좋은 것 같다, 거절되더라도 그보다 낮은 저널에 다시 내면되므로...). 저널을 정한 뒤에는 저널에서 제공하는 Instructions for authors를 참조한다. 이때..

다음과 같은 유전자 리스트를 가지고 있을 때, CPT2 CPT1A FACL1 EHHADH 사람에서 이와 관련 있는 pathway에는 무엇이 있는지 KEGG Mapper를 사용하여 찾는 방법을 소개하고자 한다. KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) Mapper를 이용하면 input gene list가 pathway의 어느 곳에 나타나는지 색깔로 표시할 수 있다 (ex. upregulation gene을 빨간색으로 표시하는 등). 하지만 input으로 위와 같은 Gene symbol (CTP2, CPT1A, ... )가 아니라 KEGG ID를 받기 때문에 Symbol을 KEGG ID로 먼저 변환해줘야 한다. 이는 다음 사이트에서 가능하다. https://biod..

여러 종류의 텍스트 파일을 다룰 때 메모장(프로그램)보다 유용한 프로그램이 있어 소개하고자 한다. https://notepad-plus-plus.org/ Notepad++ What is Notepad++ Notepad++ is a free (as in “free speech” and also as in “free beer”) source code editor and Notepad replacement that supports several languages. Running in the MS Windows environment, its use is governed by GNU General Public Lice notepad-plus-plus.org 설치하여 실행하면 다음과 같은 화면을 볼 수 있다. 크게..