특정 유전자 리스트와 관련 있는 pathway 검색 방법 (KEGG Mapper)

  다음과 같은 유전자 리스트를 가지고 있을 때,

CPT2
CPT1A
FACL1
EHHADH

 

  사람에서 이와 관련 있는 pathway에는 무엇이 있는지 KEGG Mapper를 사용하여 찾는 방법을 소개하고자 한다.

 

  KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) Mapper를 이용하면 input gene list가 pathway의 어느 곳에 나타나는지 색깔로 표시할 수 있다 (ex. upregulation gene을 빨간색으로 표시하는 등).

  하지만 input으로 위와 같은 Gene symbol (CTP2, CPT1A, ... )가 아니라 KEGG ID를 받기 때문에 Symbol을 KEGG ID로 먼저 변환해줘야 한다. 이는 다음 사이트에서 가능하다.

https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php

bioDBnet - Biological Database Network

  위와 같이 입력하면 Gene Symbol (대표 symbol 외에 synonyms까지 포함)을 KEGG Gene ID로 변환할 수 있다. 이때 Taxon ID는 9606을 적었는데, 이는 사람(Homo sapiens)을 나타낸다.

 

  제출하면 다음과 같은 결과를 얻을 수 있다.

 

  이를 KEGG Mapper에 입력한다.

https://www.genome.jp/kegg/mapper/color.html

KEGG Mapper Color

  Search mode는 hsa를 해줘야 한다.

 

  Exec을 누르면 다음과 같은 결과를 얻을 수 있다.

  위의 pathway들이 우리가 입력한 4개의 유전자와 관련있는 pathway들이다. Pathway 별로 4개의 유전자 중 몇 개를 포함하고 있는지 숫자로 알려준다.

  'Fatty acid degradation'을 클릭해보았다.

입력한 유전자만 분홍색으로 강조되어 있는 모습을 확인할 수 있다.