[용어 설명] Candidate phyla radiation (CPR)이란?

  Candidate phyla radiation (CPR group, Patescibacteria)이란, 배양되지 않고 metagnomics나 single cell sequencing에 의해서만 알려진 세균들의 분류군이다. 굉장히 작기 때문에 nanobacteria나 ultra-small bacteria라고도 불린다. Genome size도 작고 합성에 관여하는 유전자도 없기 때문에 공생하며 사는 세균으로도 여겨진다 [참조1, 참조2]. 실제로는 70 phyla 이상으로 분류될 수 있다는 주장도 있고, 하나의 phylum이라는 주장도 있다. 기존 세균과는 다른 16S rRNA gene 구조를 가지고 있어서 16S amplicon sequencing에서는 발견되지 않는다.

 

  더 공부해봐야 알겠지만, 실제로 있는 세균인지 의심이 들었다. 그냥 sequence assembly 과정에서 합성에 관여하는 유전자를 놓친 채로 metagenome-assembled genome (MAG)을 만들어서 새로운 분류군이다! 라고 하는 것일까봐?? 그런데 위키에 다음과 같은 사진도 있는 것을 보면 사실인 것 같기도... 관련 논문을 더 찾아봐야할 것 같다.

https://en.wikipedia.org/wiki/Candidate_phyla_radiation#/media/File:Ultra-small_bacteria.png

 

Reference

• https://en.wikipedia.org/wiki/Candidate_phyla_radiation