[Newick] 계통수 표현에 사용되는 Newick tree format

Newick tree format은 괄호와 쉼표를 사용하여 계통수를 표현하는 방법이다.

 

즉, 계통수 그림을 텍스트화 시킨 것으로 Newick file의 확장자는 .nwk이다.

 

예제

https://en.wikipedia.org/wiki/Newick_format

아래와 같이 다양한 방법으로 나타낼 수 있다.

(,,(,));                               no nodes are named
(A,B,(C,D));                           leaf nodes are named
(A,B,(C,D)E)F;                         all nodes are named
(:0.1,:0.2,(:0.3,:0.4):0.5);           all but root node have a distance to parent
(:0.1,:0.2,(:0.3,:0.4):0.5):0.0;       all have a distance to parent
(A:0.1,B:0.2,(C:0.3,D:0.4):0.5);       distances and leaf names (popular)
(A:0.1,B:0.2,(C:0.3,D:0.4)E:0.5)F;     distances and all names
((B:0.2,(C:0.3,D:0.4)E:0.5)A:0.1)F;    a tree rooted on a leaf node (rare)

예제 2

(C:40, (A:30, B:20):20):10

 

Reference

• en.wikipedia.org/wiki/Newick_format