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일반적으로 저널은 높은 화질의 figure를 요구한다 (ex. 600dpi 이상). 이를 위해 어도비 일러스트레이터 (Adobe Illustrator)를 활용할 수 있는데, 이를 설명하고자 한다. 먼저 파일은 형식과 칼라모드에 따라 나눠질 수 있는데, 논문의 투고 규정을 보고 이에 맞게 설정해야 한다. 파일 형식은 Bitmap과 Vector로 나뉜다. Bitmap: 확대하면 깨짐 (TIFF, JPEG, GIF, PNG). Vector: 확대해도 선명 (AI, EPS, SVG). 칼라모드는 RGB와 CMYK로 나뉜다. RGB CMYK Figure를 그리고 고해상도로 저장하는 전체적인 과정은 다음과 같다. PowerPoint에서 작업 후 PDF로 저장 일러스트레이터에서 PDF를 불러오기 일러스트레이터에서 추..

이공계 학술 논문을 어떤 순서로 작성하면 좋을지에 대해 포스팅하고자 한다: 1) 저널 선택, 2) 참고 논문 읽기, 3) 아웃라인 작성, 4) Table & Figure 작성, 5) 논문 초고 작성, 6) 논문 수정, 7) Cover letter 작성, 8) Revision 1. 저널 선택 어떤 저널인지에 따라 논문의 방향성이 달라질 수 있으므로 저널을 먼저 정하는 것이 좋다. 저널이 다루는 범위에 내 논문이 포함되는지, 내 논문과 비슷한 주제가 저널에 포함되었는지 등을 확인하여 저널을 정한다 (살짝 높은 저널에 먼저 도전해보는 것이 좋은 것 같다, 거절되더라도 그보다 낮은 저널에 다시 내면되므로...). 저널을 정한 뒤에는 저널에서 제공하는 Instructions for authors를 참조한다. 이때..

여러 종류의 텍스트 파일을 다룰 때 메모장(프로그램)보다 유용한 프로그램이 있어 소개하고자 한다. https://notepad-plus-plus.org/ Notepad++ What is Notepad++ Notepad++ is a free (as in “free speech” and also as in “free beer”) source code editor and Notepad replacement that supports several languages. Running in the MS Windows environment, its use is governed by GNU General Public Lice notepad-plus-plus.org 설치하여 실행하면 다음과 같은 화면을 볼 수 있다. 크게..

논문에서 그래프에 색을 넣을 때 색맹을 고려할 수 있다. 아래 reference에서 8가지 색상의 color paletter를 제공하는데, red-green color blindness를 가진 사람들도 색을 구분할 수 있다. 이는 다음과 같은 색으로 구성된다. Black: RGB (0,0,0), #000000, Orange: RGB (230,159,0), #e69f00, Sky blue: RGB (86,180,233), #56b4e9, Bluish green: RGB (0,158,115), #009e73, Yellow: RGB (240,228,66), #f0e442, Blue: RGB (0,114,178), #0072b2, Vermillion: RGB (213,94,0), #d55e00, Reddish ..

SVG 파일은 아무리 확대해도 픽셀이 깨져서 보이지 않는다는 장점이 있다. 그래서 웹페이지나 논문 데이터로 사용하기에 적절하다. 내 경우에는 1) 웹페이지 화면을 캡쳐한 PNG 파일에서 2) 일부를 떼어내고 3) 추가로 더 꾸민 후 4) SVG 파일로 만들고 싶었다. 검색해보니, 일단 PNG 파일을 SVG 파일로 변환하는 것은 오믈렛을 계란으로 바꾸는 일로 비유되고 있었다. 그래서 나는 그냥 일러스트레이터에 PNG 파일을 붙여넣기 한 후 SVG로 저장하였다. 다음의 과정으로 진행하였다. 웹페이지 캡쳐함 (PNG 형식) PNG파일을 포토샵에서 불러옴 (파워포인트에서 불러오면 화질이 낮아진다/ 한편, 일러스트레이터에서 불러오면 그림의 일부분을 자르기가 어렵다-내 기준) 포토샵에서 일부분 선택 후 일러스트레이..

웹페이지를 고해상도로 전체 화면 캡쳐하고 싶을 때 어떻게 하면 좋을 지 다음 링크에 잘 나와있다. https://davidaugustat.com/web/take-ultra-high-resolution-screenshots-in-chrome How to Take Ultra High Resolution Screenshots in Chrome (4K, 8K, …) Google Chrome has a built-in functionality to take screenshots of a website, that have a higher resolution than your screen. I show how to make use of that. davidaugustat.com 확실히 그냥 [F12]>[Capture..

내용 구성 Peryton (https://dianalab.e-ce.uth.gr/peryton/)은 실험적으로 검증된 microbe-disease 관련성을 확인해볼 수 있는 데이터베이스이다. Microbe-relaed disease에 대한 1) 새로운 가설을 세우거나, 2) 발견에 대한 cross-validation에 이용할 수 있다. 유사한 데이터베이스에는 Disbiome (https://disbiome.ugent.be/home)과 gutMDisorder (http://bio-annotation.cn/gutMDisorder/)이 있다. Peryton이 위 데이터베이스보다 더 나은 점은 1) 질병군-정상군 비교 데이터 뿐 아니라 질병군-다른질병군 비교 데이터까지 다룸, 2) Visualization을 제공..

좋은 데이터베이스의 기준 Scientific quality (Usefulness to the community) General utility: 처음 사용자가 쉽게 쓸 수 있으면 좋다. Well curated: manually curated data가 많으면 더 좋다. Not covering narrow topics: 넓은 주제를 다루면 더 좋다. Maintained for a long time Not described elsewhere 참고 Data warehouses, portals, cross-platform search tools, visualization tools는 NAR database보다는 Bioinformatics, BMC Bioinformatics or Database: The Journ..

정리 데이터를 분석할 때의 목표는 두 가지가 있다: 1) 예측, 2) 정보 획득 이러한 목표를 이루기 위해 두 가지 접근을 시도할 수 있다: 1) Data modeling, 2) Algorithmic modeling. Data modeling은 데이터를 바탕으로 linear regression 등의 통계 모델을 생성하여 분석하는 방법이다. Algorithmic modeling은 통계 모델을 생성하지 않고, 머신러닝 방법을 사용하여 분석하는 방법이다. 일반적으로 통계학자들은 데이터를 보면 통계 모델부터 먼저 생성하려고 한다: 1) 익숙해서, 혹은 2) (통계 모델을 통한) "해석"을 위해 하지만 저자는 그러한 관점에서 벗어나여 데이터 분석의 목표("정보"를 얻는 것, 해석은 정보를 얻기위한 수단에 불과)를..

정리 UHGG (Unified Human Gastrointestinal Genome) collection: 4,644 종의 gut prokaryotes에서 유래한 204,938 genomes로 구성됨. 이 중 70% 이상은 culutred representatives가 없다. UHGP (Unified Human Gastrointestinal Protein) catalogue: 위의 genomes가 encoding하는 >170 M protein sequences로 구성됨. 이 중 40% 이상은 functional annotations가 없다. 여러가지 studies에서 human gut microbiome 데이터를 받아서 진행한 프로젝트. Isolate genomes, MAGs 차이점: Microbiome..