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생명과학 분야에서 발표 자료나 포스터를 만들 때마다 매번 PPT로 그림을 그리기는 쉽지 않다. 이러한 과정을 굉장히 쉽게 해주는 웹 서비스가 BioRender이다. BioRender Create Professional Science Figures in Minutes. biorender.com 굉장히 다양한 아이콘 및 그림을 저장하고 있어서 이를 불러들여 편집할 수 있다. 또한 Template도 제공하는데, 특정 상황을 BioRender 사이트에서 미리 그려놓은 것으로, 자신의 분야와 관련되어있다면 Template에서 시작하여 편집하면 된다. 이용하기 위해서는 먼저 가입을 해야하고, 처음 그림을 그리려고 페이지에 들어가면 UI에 대한 간단한 설명을 해준다. 애초에 복잡하게 구성되어 있지 않아서 편리하게 사..

주요 내용 Inbred genetically 'similar' mice (똑같지는 않다)라도 장내미생물은 여러가지 요인들(Vendor, facility 등)에 의해 달라질 수 있다. 장내 미생물의 다양성은 host의 표현형에 영향을 줘서 실험의 재현성에 영향을 미칠 수 있다. 하지만 그렇다고 다양성이 나쁜 것만이 아니다. 실험의 목적과 질문에 맞게 가장 효과적인 전략을 설정해야한다. Reducing variation (감소): Confounding 최소화 (Internal validity, Standardization). 이를 위해 Cohousing, Littermate-controlled experiments 방법을 사용할 수 있지만, 단점도 존재한다. 혹은 Germ-free mice에 microbia..

QIIME View에서 파일을 볼 때 Details > Ciations를 보면 어떤 참조문헌을 인용하면 될지가 나온다. 그런데 Citation format이 BibTex로 되어있다. 이 형식에 익숙하지 않으면 사용하기가 껄끄로운데 이를 우리가 익숙한 형식으로 바꿔주는 변환 사이트가 있다. bibtex.online/ Bibtex Online Converter Format: APA MLA Chicago Harvard Vancouver bibtex.online 따로 설치가 필요 없고, BibTex를 복사/붙여넣기 한 후 APA나 MLA 등의 format을 선택하면 결과를 자동으로 보여준다. Reference tex.stackexchange.com/questions/23878/how-to-quickly-conv..

Summary 건강한 미국인 3409명을 대상으로 장내미생물을 분석함 (16S amplicon sequencing, V4, V3V4) edgePCA (microbiome-specific principal component analysis)를 적용해서 Bacteroidetes-Firmicutes 축과 Bacteroides-Prevotella 축을 확인함 (사람 장내미생물에 대한 main axis). [출처] Host phenotypic 특징을 microbiome diversity, microbial taxa, microbial pathways와 비교함. 샘플을 4개의 taxonomic clusters로 나눔: HF (high-Firmicutes), F (average-Firmicutes), B (Bacte..

[GIT] 기초: Do it! 지옥에서 온 문서 관리자 깃 & 깃허브 입문 [JAVA] 기초: 이것이 자바다 [MySQL] 기초: 이것이 MySQL이다 [PYTHON] 기초: 파이썬 철저 입문 Pandas: Do it! 데이터 분석을 위한 판다스 입문 [SERVER] Linux 기초: 이것이 리눅스다 [STATISTICS] 기초: 통계학 도감 [WEB] HTML, CSS: HTML5+CSS3 웹 표준의 정석 JavaScript: 자바스크립트+제이쿼리 입문 [ETC] 정규표현식 연습: regexr.com/

로컬 컴퓨터와 구글 드라이브는 Backup and Sync를 사용하여 백업 및 동기화를 하면 되지만, [Backup and Sync from Google] Google Drive 백업 및 동기화 여러 대의 컴퓨터를 사용하면서 파일의 동기화가 필요하거나 데이터 백업이 필요할 때, Google Drive와 Backup and Sync를 사용할 수 있다. 이 포스트에서는 Google Drive와 로컬 컴퓨터를 연결해주는 Backup bioinfoblog.tistory.com 위 프로그램은 Linux 시스템에 대해서는 기능을 제공하지 않기 때문에 다른 프로그램을 찾아야 한다. 검색해보니 Insync 프로그램이 Linux와 구글 드라이브의 연결을 지원한다고 하여 찾아봤지만, 서버와 연결을 하려면 매년 돈을 지불해..

여러 대의 컴퓨터를 사용하면서 파일의 동기화가 필요하거나 데이터 백업이 필요할 때, Google Drive와 Backup and Sync를 사용할 수 있다. 이 포스트에서는 Google Drive와 로컬 컴퓨터를 연결해주는 Backup and Sync from Google을 소개하려고 한다. Backup and Sync는 구글에서 개발한 프로그램이므로 안심하고 사용하면 될 것 같다. 다운로드 아래 링크에서 다운로드 가능하다. 다운로드 - Google 드라이브 어느 기기에서나 콘텐츠에 액세스하고 콘텐츠를 동기화하세요. www.google.com 데이터 백업 및 동기화 먼저 백업 및 동기화를 하고 싶은 폴더를 선택해주어야 한다. 만약 전체 컴퓨터 파일에 대해서 백업과 동기화를 하고 싶다면 위 화면에서 데스크..

종종 마크다운 문법으로 글을 작성해야 할 때 (GitHub 등) 문법이 잘 생각나지 않기도 하고, 마크다운 확장자 파일이 실제로는 어떻게 보일지 확인이 필요할 때가 있다. 이럴 때 Typora를 사용할 수 있다. Typora — a markdown editor, markdown reader. Readable & Writable Typora gives you a seamless experience as both a reader and a writer. It removes the preview window, mode switcher, syntax symbols of markdown source code, and all other unnecessary distractions. Instead, it provid..