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정리 180종 이상의 야생동물의 gut microbiota를 분석하기 위해 metagnomics를 진행. De novo metagenome assembly를 사용하여 5,000개 이상의 genomes를 얻음 (총 1,209 종, 약 75%는 밝혀지지 않은 종) Microbial composition, diversity, functional content는 동물의 taxonomy, diet, activity, social structure, life span과 관련이 있음을 알아냄. Reference Levin, Doron, et al. "Diversity and functional landscapes in the microbiota of animals in the wild." Science 372.653..

정리 이 연구는 여러 종에서 1) phylosymbiosis를 확인하고, 2) 그의 functional significance를 알아보았다. Phylosymbiosis: Host phylogeny와 microbiota dendrogram을 비교하여 phylosymbiosis를 확인할 수 있었다. Functional significance: Mice에 다른 종의 microbiome을 transplanting하였더니 소화 능력이 감소하였다 (selection on host–microbiota interactions가 phylosymbiosis를 가져옴). 참고) microbiota-based model은 높은 정확도로 host species origin을 예측하였다: OTU 데이터에 대해서 random fo..

정리 5종의 great ape(Homo sapiens, Pan troglodytes, P. paniscus, Gorilla gorilla, G. beringei) gut microbiome을 분석하였다. Microbiota composition을 바탕으로 phylogenic tree를 그렸을 때, mtDNA sequence variation으로 그린 tree와 유사하였다: gut microbiota는 phylogenetically conserved. 그래서 이 연구는 Host phylogeny가 evolutionary timescales에서 gut microbiota를 형성한다고 하였다 ("You are not what you eat"). Reference Ochman, Howard, et al. "Ev..

정리 이 논문은 coral-microbe 간의 phylosymbiosis를 확인하였다: coral microbiome composition 및 richness가 coral phylogeny를 반영한다. 여기에서 Cophylogeny란, "the congruence of phylogenetic relationships between two different groups of organisms due to their long-term interaction"을 의미한다 [참조] Host-microbe cophylogeny는 phylosymbiosis에 기여했을 것이라 여겨진다. Reference Pollock, F.J., McMinds, R., Smith, S. et al. Coral-associated ba..

정리 고래와 돌고래는 진화적으로는 초식동물(소, 하마)과 유사하지만, 보통 육식동물이다. 이 연구는 baleen whales의 마이크로바이옴을 분석했다: 식단은 육식동물이지만, 진화적으로는 초시동물과 가깝다. Baleen whales의 gut microbiome은 functional 측면에서 초식동물과 육식동물 모두의 특성을 가지고 있었다 (하지만 OTU의 구성은 달랐다): functional capacity 및 higher level taxonomy가 초식동물과 유사, protein catabolism 및 essential amino acid synthesis pathways가 육식동물과 유사/ Metagnome을 분석하여 확인함. 그래서 이 연구는 diet와 host phylogeny 모두가 마이크로..

정리 기존 연구들에서는 포유류가 식단이 비슷할 경우 gut microbiome이 비슷하다고 했었는데, 이는 captive 개체에 대해서만 분석하였고 host phylogeny가 confounding factor로 작용할 수 있다는 한계가 있다. 이 연구에서는 18종의 wild non-human primates를 분석하였을 때, host phylogeny (host physiology)가 host dietary niche보다 microbiome에 더 큰 영향을 미친다고 하였다. 물론 folivory의 경우 어느 정도 microbiome이 수렴하는 것을 관찰하였다. 분석은 beta diversity를 구하고 PERMANOVA를 수행했다 (host phlogenetic tree에서 가까운 종에서 유래한 샘플들..

정리 2017년 리뷰 논문. Animal gut microbiota를 분석한 논문들을 봤을 때 domestic > model > wild 순으로 많았다. Domestic 연구는 대부분 포유류에서 microbiota의 perturbation을 다뤘다 (animal productivity를 위해). Model 연구도 대부분 포유류에서 microbiota의 perturbation을 다뤘다 (human health를 위해). Wild 연구는 대부분 natural, unperturbed microbiota를 다뤘다 (microbiota composition의 이해를 위해). 대부분의 연구에서 'diet'가 분석의 초점이 됐다. Reference Pascoe, Emily L., et al. "Network anal..

정리 2년에 걸쳐 수집한 Wild wood mice (Apodemus sylvaticus)의 마이크로바이옴 샘플을 분석 다른 포유류와 마찬가지로 Firmicutes, Bacteroidetes, Proteobacteria가 많았다 (Firmicutes 안에서는 Lactobacillus genus가 가장 많았다). Gut microbial community structure가 seasonal shift에 따라 굉장히 달라졌는데, 이는 diet의 변화인 것으로 여겨진다: 곤충 식단에서 씨앗 식단으로 바뀜 (Lactobacillus 감소, Alistipes와 Helicobacter 증가 ). Reference Maurice, C., CL Knowles, S., Ladau, J. et al. Marked seas..

내용 구성 Phylosymbiosis는 "microbial community relationships that recapitulate the phylogeny of their host"를 말한다. 즉, host phylogenetic relationships와 host-associated microbial community relationships와의 유의미한 연관성을 의미한다 ("a link between host evolutionary relationships and microbial diversity"). 그래서 closely related species가 distantly related species보다 더 유사한 microbiomes를 가질 때 phylosymbiosis가 있다(presence ..

내용 구성 14년에 걸쳐 585 wild baboons (Papio cynocephalus)로부터 모은 16,234개의 gut microbiome profiles를 분석한 논문. 대부분의 microbiome phenotypes가 유의미하게 heritable하다는 것을 밝혀냈다 (많은 수의 heribale taxa, 부모로부터 자식으로 전달됨). 기존 다른 연구들이 굉장히 적은 수의 heritable taxa를 밝혀낸 이유는 cross-sectional studies였고 environment variables를 잘 통제하지 않았기 때문일 수 있다고 한다 (이 연구에서도 샘플을 한정해서 분석했을 때 적은 수의 heritable taxa만 나왔다). 그래서 사람에서도 heritable taxa가 더 있을 수 ..