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정리 6가지의 preservation solutions (Norgen, OMNI, RNAlater, CURNA, HEMA, and Shield)를 −80°C standards와 비교 (7일 간 상온에서 보관 후 분석함) Norgen과 OMNI의 경우, standards와 가장 적은 차이를 보임 (혐기성 및 호기성 세균의 성장을 잘 억제함). RNAlater는 community의 큰 변화를 일으킴. 서로 다른 hypervariable region의 경우, 서로 다른 primer sensitivity를 보임. V4의 경우 높은 alpha diversity를 보임. 27f-YM primer는 Bifodobacteriales를 대부분 찾아내지 못함. 결론적으로, Preservation solution 및 16S..

Problem java.sql.SQLException: The server time zone value 'KST' is unrecognized or represents more than one time zone. You must configure either the server or JDBC driver (via the serverTimezone configuration property) to use a more specifc time zone value if you want to utilize time zone support. Solution // String url = "jdbc:mysql://IP 주소/testDB?serverTimezone=Asia/Seoul"; String url = "jdbc:..

JDBC API란? 자바 어플리케이션에서도 직접 관계형 DBMS를 제어할 수 있다. 그러한 역할을 돕는 API (Application, Programming Interface, library, 도구)가 JDBC(Java DataBase Connectivity) API이다. 다양한 관계형 DBMS를 자바에서 제어할 수 있는데, 이를 위해서는 각각에 맞는 JDBC 드라이버를 먼저 설치해야 한다. 위 개념을 간단한 모식도로 나타나면 다음과 같다. JDBC API는 게임기 자체(닌X도 스X치), JDBC 드라이버는 게임칩(동X의 숲)이라고 생각하면 이해가 쉽다. JDBC API는 기본적으로 설치되어 있지만, 각 DBMS에 맞는 JDBC 드라이버는 추가적으로 설치해야 한다. 이 포스팅에서는 MySQL에 접속하는 ..

위 세가지를 먼저 그림으로 이해해보면 아래와 같다. Transformation과 Transduction은 모두 자연에서도 일어나는 현상으로 prokaryote cell이 외부 DNA를 받아들이는 것이다. 실험실 환경에서 인위적으로 Transforamtion이 더 잘 일어나도록 처리하여 cell을 competent하게 만들 수 있다. Transduction은 외부 DNA 주입에 바이러스가 관여한다. 한편, Transfection은 실험실 환경에서만 인위적으로 발생시킬 수 있는 현상으로 eukaryotic cell에 외부 DNA를 넣어주는 방법이다. Reference blog.addgene.org/plasmids-101-transformation-transduction-bacterial-conjugation..

정리 위 논문은 Meta-Apo라는 tool을 개발함. 기존 PICRUST2 같은 프로그램도 16S rRNA gene amplicons를 이용하여 funtional profile을 예측 가능했지만, 정확도가 낮았다. Meta-Apo는 같은 microbiome speciment에서 유래한 shotgun WGS와 16S-amplicon 데이터를 학습시켜서, amplicon data로부터 더 정확한 functional profile을 도출할 수 있는 프로그램이다. Reference Jing, G., Zhang, Y., Cui, W. et al. Meta-Apo improves accuracy of 16S-amplicon-based prediction of microbiome function. BMC Genom..

내용 구성 Low-dose로 Salmonella Typhimurium을 접종했더니, C57BL/6J mice가 다른 Vendor에서 구매한 mice(C57BL/6NCrl, C57BL/6NHsd, C57BL/6NTac)에 비해 더 취약했다. [현상 발견] Genetic differences가 위 차이를 가져왔는지 검정해보기 위해 C57BL/6J와 C57BL/6NJ 비교 (모두 Jackson에서 판매) -> 둘이 비슷한 결과 -> Genetics가 영향을 미친 것이 아니구나! [원인 분석 1] Gut Microbiota 차이에 의해서 발생했다는 사실을 알아냄: Germ-free Swiss Webster mice에 FMT 수행했을 때 donor와 Salmonella infection에 있어 비슷한 양상을 보였..

'전산망 기술 기준에 관한 규칙 - 별표2 전산실 및 통신센터의 환경조건 제13조관련' 서버실의 적정 온도 및 습도 기준이 제시되어 있다. 이에 따르면 서버실의 적정 온도는 16도 이상 28도 이하이며, 적정 습도는 40% 이상 70% 이하이다. 온도의 경우, 적정 범위를 벗어나면 장비가 정상작동하지 않을 수 있다. 한편, 습도가 너무 높으면 장비의 부식이 촉진되는데, 반대로 너무 낮으면 정전기를 발생시켜 회로 소자를 손상시킬 수 있다고 한다. Reference 전산망 기술 기준에 관한 규칙 -별표2 전산실 및 통신센터의 환경조건 제13조관련 y-iteam.tistory.com/46 www.stevenjlee.net/2020/02/22/%EC%9D%B4%ED%95%B4%ED%95%98%EA%B8%B0-%..

Git에서 .gitignore 파일을 이용하여 버전 관리에서 제외할 파일을 설정하듯이, SVN에서도 해당 기능을 사용할 수 있다. Window > Preferences > Team > Ignored Resources에 들어가서 제외할 파일이나 폴더를 작성하면 된다. 이는 모든 프로젝트에 대해서 설정되는 값이다. 단, 이미 버전 관리가 되고 있는 파일에 대해서는 새롭게 무시할 수 없다. 즉, 버전 관리가 되고 있지 않은 파일에 대해서만 무시할 수 있다. 예를 들어, 하나의 프로젝트를 여러 명이 함께 공유하는 상황에서 Ant build를 위해 build.xml 파일이 존재한다고 해보자. 사용자가 자신의 local 파일을 서버로 이동시키기 위해 버전 관리가 되고 있던 build.xml을 수정하면, commit..

Microbes는 small molecule 및 protein을 만들고 이를 이용한다. 대표적인 예로 Quorum sensing, Spore formation, Multidrug efflux pumps regulation 등이 있다. 장내미생물이 Host에 미치는 영향을 연구할 때 이러한 small protein에 대한 연구의 중요성이 높은 반면에, 이를 연구하기는 쉽지 않다. Small open reading frames (sORFs)는 길이가 짧아서 보통 annotation되지 않고 무시되고, 실험적으로 발견하기도 어렵기 때문이다. Comparative genomics to annotate sORFs 그래서 Human의 약 2000 metagenome을 모든 짧은 유전자를 찾아내는 연구가 수행되었다 ..

Metagenome-assembled genome (MAG)이란, metagenome data에서 확인한 genome을 의미한다. 세균의 종류는 굉장히 다양하여 배양만으로는 알 수 없는 세균들도 존재하는데, metagenome에서 sequence를 de novo assembly하여 알 수 없었던 세균의 genome을 알아낼 수 있다. De novo assembly와 MAG De novo assembly는 아래와 같은 방식으로 진행된다. Sequence reads에서 시작하여 최종적으로는 continuous sequence를 만들어 낼 수 있다. 위의 방식으로 metagenome 데이터에서 새로운 세균의 genome을 알아낼 수 있고, 이것이 MAG이다. 그런데 실제로는 metagenome 데이터에서 En..