정리
- 6가지의 preservation solutions (Norgen, OMNI, RNAlater, CURNA, HEMA, and Shield)를 −80°C standards와 비교 (7일 간 상온에서 보관 후 분석함)
- Norgen과 OMNI의 경우, standards와 가장 적은 차이를 보임 (혐기성 및 호기성 세균의 성장을 잘 억제함).
- RNAlater는 community의 큰 변화를 일으킴.
- 서로 다른 hypervariable region의 경우, 서로 다른 primer sensitivity를 보임.
- V4의 경우 높은 alpha diversity를 보임.
- 27f-YM primer는 Bifodobacteriales를 대부분 찾아내지 못함.
- 결론적으로, Preservation solution 및 16S rRNA gene primer pair의 선택이 gut microbiota profiling에 영향을 줄 수 있다는 것을 알려줌.
Reference
- Chen, Zigui, et al. "Impact of preservation method and 16S rRNA hypervariable region on gut microbiota profiling." Msystems 4.1 (2019).
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