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온라인 미팅 스케줄을 잡을 때 Doodle이라는 tool을 이용해볼 수 있다. Free online meeting scheduling tool Doodle is the simplest way to schedule meetings with team members, colleagues, clients, partners and friends. Take back control of your calendar (and time) today! doodle.com 사용 방법 사용하는 방법은 굉장히 쉬운데, 먼저 + Create a Doodle 을 누른다. 1. 회의 정보 작성 회의 이름, 회의 방식, 추가적으로 필요한 정보 등을 작성한다. 2. 회의 시간 옵션 생성 가능한 회의 시간 선택지를 생성한다. 3. 투표 설정..

QIIME에서 FASTQ 파일을 import할 때 Phred score가 33 encoded인지 64 encoded인지에 대한 구분이 필요하다. Phred or Q score는base의 quality score를 나타내는 것으로, base가가 잘못되었을 에러 확률을 나타낸다. P가 error probability일 때 Q와의 관계는 다음과 같다. Q=-10logP Q score는 ASCII character로 나타내는데, ASCII character와 실제 Q score 변환 관계는 아래 링크에서 찾아볼 수 있다. Quality (Phred) scores Quality (Phred) scores See also FASTQ files Average Q is a bad idea! Expected errors..

해당 내용은 QIIME 2 Tutorial을 바탕으로 작성된 글로, Reference의 URL에서 원본 내용을 확인할 수 있습니다. 데이터 정보 아타카마 사막(칠레)의 두 곳에서 구덩이를 파고 각각 세 가지의 깊이에서 퍼온 흙 샘플 (Paired-end read, Multiplexed) sample_metadata.tsv sequences/forward.fastq.gz sequences/reverse.fastq.gz sequences/barcodes.fastq.gz 데이터 분석 ''' 1. Importing ''' qiime tools import \ --type EMPPairedEndSequences \ --input-path sequences \ --output-path sequences.qza # ..

해당 내용은 QIIME 2 Tutorial을 바탕으로 작성된 글로, Reference의 URL에서 원본 내용을 확인할 수 있습니다. 데이터 정보 Autism과 gastrointestinal disorders를 가진 18세 이하 사람으로부터 유래한 amplicon data (Illumina MiSeq). 이 중 5명은 FMT를 받았고, 다른 5명은 control일 때, 어떤 변화가 있는지 파악하려고 함. 각 개인마다 6~16개의 sample이 포함됨. 또한 FMT에 사용된 fecal matrial 5개 샘플도 포함됨. sample-metadata.tsv demux.qza: demultiplexed sequences from fastq-formatted data 데이터 분석 Demultiplexed sequ..

Alpha diversity는 샘플 '내' 다양성을 나타내고, Beta diversity는 샘플 '간' 다양성을 나타낸다. Alpha 및 beta diversity를 나타내는 데 사용되는 수식은 하나가 아니라 다양하게 존재하는데, 그 종류는 다음과 같다. Alpha diversity metrics Shannon’s diversity index (a quantitative measure of community richness) Observed Features (a qualitative measure of community richness) Faith’s Phylogenetic Diversity (a qualitiative measure of community richness that incorporates..

해당 내용은 QIIME 2 Tutorial을 바탕으로 작성된 글로, Reference의 URL에서 원본 내용을 확인할 수 있습니다. 이 튜토리얼이 튜토리얼 중 가장 핵심이 되는 내용을 담고 있다. 데이터 정보 Human microbiome samples (Illumina HiSeq, V4 16S rRNA sequence): 항생제 사용의 영향을 보기 위해 두 사람 몸의 네 곳에서 다섯 번 얻은 샘플들 input/barcodes.fastq.gz input/sequences.fastq.gz (multiplexed, single end sequencing) sample-metadata.tsv gg-13-8-99-515-806-nb-classiier.qza: Classifier 데이터 분석 # 1. IMPORT..

해당 내용은 QIIME 2 Tutorial을 바탕으로 작성된 글로, Reference의 URL에서 원본 내용을 확인할 수 있습니다. Pro-tips QIIME2 artifacts는 zip files이기 때문에 export하거나 unzip -k file.qza로 무엇이 들었는지 확인 가능. QIIME2를 command line에서 돌리면 느리다 (압축 과정이 들어있기 때문): Python API를 사용하면 빠르게 분석 가능. 데이터 분석 과정 1. Raw sequence (FASTQ) importing (qiime tools import) 2. Demultiplexing (q2-dmux, cutadapt) q2-dmux: barcodes가 이미 sequence에서 제거되어 분리된 파일에 있는 경우 사용 c..

컴파일은 high-level language를 low-level language로 바꿔주어 excuatable file을 만드는 작업이다. 컴파일이나 다운로드 등을 통해 프로그램을 설치한 이후 바로바로 프로그램을 불러올 수 있도록 환경 변수($PATH)를 설정할 수 있다. $ export PATH=$HOME/bin:$PATH 위 코드로 $HOME/bin 내에 있는 프로그램을 $HOME/bin을 붙이지 않고도 바로 사용할 수 있다. 예를 들어, $HOME/bin 안에 fastqc가 있다면 기존에는 $HOME/bin/fastqc로 불러와야 했지만, 해당 명령어 입력 이후에는 fastqc로 바로 불러올 수 있다. 하지만 명령어를 통해서 $PATH를 수정하면 session이 끝나면 해당 정보가 사라진다. 그래서..

GNU? GNU is not Unix의 줄임말 처음 만들어진 운영체제(OS)인 Unix가 시장을 독점하고 있었기 때문에 자유롭게 프로그램을 개발하기 어려웠다 -> 이에 대한 반발로 나온 것이 GNU. GNU 프로젝트를 해볼 OS를 새로 찾아보자. Linux OS를 채택함 -> GNU 프로젝트에서 새로운 프로그램을 자유롭게 개발할 수 있게 되었다 (+소스코드를 오픈하여 공유). GNU/Linux의 자유 이념 4가지 1) 어떤 목적에서든 프로그램을 원하는 대로 돌릴 수 있는 자유. 2) 프로그램이 어떻게 작동하는지 공부하고, 원하는 대로 바꿀 수 있는 자유 (소스코드가 공유되는 것을 전제) 3) 프로그램을 재배포하는 것에 대한 자유. 4) 내가 수정한 프로그램을 재배포하는 것에 대한 자유. 굉장히 다양한 종..

Java application을 만들고 이를 이용할 때 진행상황을 표시해주면 내 작업이 어디까지 진행되었는지 알 수 있어서 편리하다. 이러한 진행 상황 표시는 Java 코드로 간단하게 나타내줄 수 있다. for(int i=0; i