[QIIME2] Fecal microbiota transplant (FMT) 튜토리얼

해당 내용은 QIIME 2 Tutorial을 바탕으로 작성된 글로, Reference의 URL에서 원본 내용을 확인할 수 있습니다.

데이터 정보

Autism과 gastrointestinal disorders를 가진 18세 이하 사람으로부터 유래한 amplicon data (Illumina MiSeq). 이 중 5명은 FMT를 받았고, 다른 5명은 control일 때, 어떤 변화가 있는지 파악하려고 함. 각 개인마다 6~16개의 sample이 포함됨. 또한 FMT에 사용된 fecal matrial 5개 샘플도 포함됨.

• sample-metadata.tsv
• demux.qza: demultiplexed sequences from fastq-formatted data

 

데이터 분석

Demultiplexed sequences로부터 시작하여 DADA2로 분석할 예정.

# Check Demultiplexing: 어디(--p-trim-left)부터, 어디(--p-trunc-len)까지 자를지에 대한 정보를 얻기 위해 
qiime demux summarize \
  --i-data demux.qza \
  --o-visualization demux-summary.qzv
  
'''
Quality Control
'''
qiime dada2 denoise-single \
  --p-trim-left 13 \
  --p-trunc-len 150 \
  --i-demultiplexed-seqs demux.qza \
  --o-representative-sequences rep-seqs.qza \
  --o-table table.qza \
  --o-denoising-stats stats.qza

# Check Denosing
qiime metadata tabulate \
  --m-input-file stats.qza \
  --o-visualization denoising-stats.qzv
  
# Check Frequencies
qiime feature-table summarize \
  --i-table table.qza \
  --o-visualization table.qzv \
  --m-sample-metadata-file sample-metadata.tsv
  
# Check Sequences
qiime feature-table tabulate-seqs \
  --i-data rep-seqs.qza \
  --o-visualization rep-seqs.qzv

 

 

참고

• Merging FeatureTable[Frequency]

# Merging FeatureTable[Frequency]
qiime feature-table merge \
  --i-tables table-1.qza \
  --i-tables table-2.qza \
  --o-merged-table table.qza

• Merging FeatureData[Sequence]: 

# Merging FeatureTable[Sequence]
qiime feature-table merge-seqs \
  --i-data rep-seqs-1.qza \
  --i-data rep-seqs-2.qza \
  --o-merged-data rep-seqs.qza

 

Reference

• docs.qiime2.org/2021.2/tutorials/fmt/