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Project Jupyter The Jupyter Notebook is a web-based interactive computing platform. The notebook combines live code, equations, narrative text, visualizations, interactive dashboards and other media. jupyter.org Command Mode (명령 모드) ENTER 편집 모드 진입 A 위에 새로운 Cell 추가 B 아래에 새로운 Cell 추가 D + D 선택 Cell 삭제 M Markdown으로 변경, Y Code cell로 변경, R Raw cell로 변경 X Cell 잘라내기 C Cell 복사하기 V Cell 붙여넣기 Z Cell 실행 취소 ..

다양성 분석(alpha diversity, beta diversity)을 할 때, sampling depth를 맞춰야할 필요성이 있다. 이는 대부분의 diversity metrics가 서로 다른 sampling depths에 민감하기 때문이다. 그래서 균일한 sampling depth를 설정하여 다양성 분석을 하면, 설정한 depth보다 read 수가 더 적은 샘플은 제외되고, read 수가 더 많은 샘플은 설정한 depth로 random하게 subsampling되어 분석에 이용된다 (각 분석의 결과가 조금씩 달라질 수 있음). 그러면 이때 sampling depth를 얼마로 설정해야할 것인지가 중요한 문제가 된다. 하지만 정확한 기준이 없는데, QIIME tutorial에서는 아래와 같이 이야기한다. ..

Summary 건강한 미국인 3409명을 대상으로 장내미생물을 분석함 (16S amplicon sequencing, V4, V3V4) edgePCA (microbiome-specific principal component analysis)를 적용해서 Bacteroidetes-Firmicutes 축과 Bacteroides-Prevotella 축을 확인함 (사람 장내미생물에 대한 main axis). [출처] Host phenotypic 특징을 microbiome diversity, microbial taxa, microbial pathways와 비교함. 샘플을 4개의 taxonomic clusters로 나눔: HF (high-Firmicutes), F (average-Firmicutes), B (Bacte..

Jupyter는 코드 문서화에 굉장히 유용하고, 원격으로 서버에 접속할 때 사용할 수 있는 프로그램이다. 서버에서 Jupyter를 실행하여 이를 통해 그 서버에 원격으로 접속할 수 있는 방법을 포스팅하고자 한다. Protocol 1. (선택사항) conda 가상 환경을 서버에 생성 후 가상 환경 활성화한다. conda create -n 가상환경_이름 python=3.7 conda activate 가상환경_이름 가상환경 내에서 Jupyter를 실행하고자 한다면 1번 단계를 진행하면 되고, 가상환경 없이 Jupyter를 실행하려면 생략해도 된다. 전자의 경우 Jupyter를 실행할 때마다 가상환경을 활성화한 후 실행해야하는 번거로움이 있는데, 가상환경 없이 Jupyter를 실행한 후 Kernel을 통해 가상..

명령어 정리 기능 명령어 명령모드 진입 ESC 입력모드 진입 명령모드에서 i OR a OR o 강제 종료 명령모드에서 :q! + ENTER 저장 후 종료 명령모드에서 :wq + ENTER 줄번호(line number) 표시 명령모드에서 :set nu + ENTER 줄번호(line number) 제거 명령모드에서 :set nonu + ENTER Line 시작으로 이동 명령모드에서 0 Line 끝으로 이동 명령모드에서 $ 원하는 만큼 줄 이동 명령모드에서 숫자+ OR 숫자- 원하는 위치로 이동 명령모드에서 :숫자 + ENTER 파일 끝으로 이동 명령모드에서 G 혹은 gg 줄 복사하기 명령모드에서 yy (앞에 숫자를 붙이면 여러 줄 복사하기) 줄 잘라내기 명령모드에서 dd (앞에 숫자를 붙이면 여러 줄 잘라내..

가상환경 목록 확인 conda info --envs 가상환경 이름 변경 conda create --name new_name --clone old_name conda remove --name old_name --all # or its alias: `conda env remove --name old_name` 사실 아나콘다에서 rename 기능을 지원하지 않기 때문에 새로 복제를 한 후 기존 것은 지우는 방식을 사용한다. 그래서 package를 다시 다운 받고, 파일을 복제하는 데 시간과 용량을 사용하게 되는 단점이 있다. (다음 글을 참조하였음) 가상환경 활성화 conda activate 가상환경_이름 가상환경 비활성화 conda deactivate Anaconda | The World's Most Pop..

[GIT] 기초: Do it! 지옥에서 온 문서 관리자 깃 & 깃허브 입문 [JAVA] 기초: 이것이 자바다 [MySQL] 기초: 이것이 MySQL이다 [PYTHON] 기초: 파이썬 철저 입문 Pandas: Do it! 데이터 분석을 위한 판다스 입문 [SERVER] Linux 기초: 이것이 리눅스다 [STATISTICS] 기초: 통계학 도감 [WEB] HTML, CSS: HTML5+CSS3 웹 표준의 정석 JavaScript: 자바스크립트+제이쿼리 입문 [ETC] 정규표현식 연습: regexr.com/

QIIME 2는 next-generation sequencing으로 분석된 마이크로바이옴 데이터에 대한 분석을 제공하는 종합 플랫폼이다. 굉장히 유용한 기능을 갖추고 있는데, 이번 포스트에서 그 설치방법을 정리해보려고 한다. QIIME 2 q2studio the graphical user interface (PROTOTYPE) q2studio is a functional prototype of a graphical user interface for QIIME 2, and is not necessarily feature-complete with respect to q2cli and the Artifact API. qiime2.org 다음 주소에 다양한 환경(macOS, Windows, Linux)에서 QI..

로컬 컴퓨터와 구글 드라이브는 Backup and Sync를 사용하여 백업 및 동기화를 하면 되지만, [Backup and Sync from Google] Google Drive 백업 및 동기화 여러 대의 컴퓨터를 사용하면서 파일의 동기화가 필요하거나 데이터 백업이 필요할 때, Google Drive와 Backup and Sync를 사용할 수 있다. 이 포스트에서는 Google Drive와 로컬 컴퓨터를 연결해주는 Backup bioinfoblog.tistory.com 위 프로그램은 Linux 시스템에 대해서는 기능을 제공하지 않기 때문에 다른 프로그램을 찾아야 한다. 검색해보니 Insync 프로그램이 Linux와 구글 드라이브의 연결을 지원한다고 하여 찾아봤지만, 서버와 연결을 하려면 매년 돈을 지불해..

여러 대의 컴퓨터를 사용하면서 파일의 동기화가 필요하거나 데이터 백업이 필요할 때, Google Drive와 Backup and Sync를 사용할 수 있다. 이 포스트에서는 Google Drive와 로컬 컴퓨터를 연결해주는 Backup and Sync from Google을 소개하려고 한다. Backup and Sync는 구글에서 개발한 프로그램이므로 안심하고 사용하면 될 것 같다. 다운로드 아래 링크에서 다운로드 가능하다. 다운로드 - Google 드라이브 어느 기기에서나 콘텐츠에 액세스하고 콘텐츠를 동기화하세요. www.google.com 데이터 백업 및 동기화 먼저 백업 및 동기화를 하고 싶은 폴더를 선택해주어야 한다. 만약 전체 컴퓨터 파일에 대해서 백업과 동기화를 하고 싶다면 위 화면에서 데스크..