[QIIME] 마이크로바이옴 데이터 분석을 위한 QIIME 2 설치

QIIME 2는 next-generation sequencing으로 분석된 마이크로바이옴 데이터에 대한 분석을 제공하는 종합 플랫폼이다.

굉장히 유용한 기능을 갖추고 있는데, 이번 포스트에서 그 설치방법을 정리해보려고 한다.

QIIME 2

다음 주소에 다양한 환경(macOS, Windows, Linux)에서 QIIME 2를 설치하는 방법이 기술되어 있다. 2020년 11월 버전의 주소인데, 새로운 버전이 나와서 주소가 달라졌다면 Latest Docs를 눌러서 Installing QIIME2 항목을 클릭하면 된다.

docs.qiime2.org/2020.11/install/

 

Conda environment에 QIIME2 설치 (Linux)

나는 보통 리눅스에서 분석을 하기 때문에 리눅스에서 QIIME2를 설치하는 과정을 살펴보았다.

QIIME2에서는 miniconda를 이용해 설치하는 것을 추천한다. Miniconda 설치는 [링크] 참조.

Miniconda 설치 이후에는 다음의 명령어로 최신버전의 QIIME2를 설치할 수 있다.

conda update conda # 최신 버전의 conda임을 한번 확인
conda install wget # 링크 주소의 파일을 다운 받을 수 있는 wget 설치
wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2020.11-py36-linux-conda.yml # 설정 파일 다운로드
conda env create -n qiime2-2020.11 --file qiime2-2020.11-py36-linux-conda.yml # 가상환경 생성
rm qiime2-2020.11-py36-linux-conda.yml # 설정파일 제거

conda activate qiime2-2020.11 # QIIME2 환경 실행
conda deactivate # QIIME2 환경 종료

 

가상환경을 먼저 실행한 후에, 그 가상환경에서 QIIME2를 사용할 수 있다.

 

 

# QIIME install