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종종 내가 입력한 커맨드가 동작하는 시간을 측정할 필요가 있다. 그럴 때 활용할 수 있는 커맨드가 time이다. 사용 예시는 다음과 같다. $ time [Some command] real0m0.001s user0m0.001s sys0m0.000s 이때 실제 걸린 시간은 real 값을 확인하면 된다.

Amplicon data를 분석할 때 주로 사용되는 Data type의 종류 및 import/export를 정리하였다. 위의 Data types가 amplicon data 분석에서 생성되는데, taxonomic analysis 및 diversity analysis에서 사용될 수 있다. 이 파일들을 하나씩 어떤 형식으로 되어 있으며, 어떻게 export/import할 수 있는지 알아보았다. 1. FeatureTable[Frequency] # Denoising $ qiime deblur denoise-16S --p-sample-stats --i-demultiplexed-seqs demux.qza --o-representative-sequences repSeqs.qza --o-table table.qza --..

Jupyter Docker Stacks는 Jupyter applications와 interactive computing tools를 포함한 Docker images 모음이다 [1]. 즉, Docker image가 Jupyter 프로그램 및 유용한 도구들을 모두 포함하고 있으므로, image를 다운받아서 로컬에서 실행하면 Jupyter 프로그램 및 유용한 도구들을 일일이 따로 설치할 필요 없이 한번에 사용할 수 있다. 또한 리눅스 시스템도 사용이 가능하다. 참고로 image를 실행한 상태를 container라고 한다. 이 포스팅에서는 Windows 10에서 Docker Desktop을 설치하고, Jupyter Docker Stacks에서 원하는 image를 골라 다운로드한 후 실행하는 과정을 소개하고자 한..

다른 사람들과의 협업에 Word를 사용할 수 있다. 특히 검토 탭에 존재하는 1) 메모, 2) 추적, 3) 변경 내용 기능을 활용해볼 수 있다. 메모 메모는 원하는 부분에 메모를 남기는 기능이다. 검토 탭에서 메모를 생성할 수도 있지만, 드래그한 후 오른쪽 클릭을 통해 메모를 생성할 수도 있다. 메모를 통해 어느 부분에 메모를 작성한 것인지, 작성자가 누구인지 알 수 있다. 또한 메모에 답글을 남길 수도 있고, 문제가 해결되었다면 메모를 닫을 수도 있다. 메모 작성자의 구분 사라짐 (모두 “만든 이”로 통일) 그런데 워드 파일을 저장했을 때, 메모 작성자의 구분이 사라지고 모두 “만든 이”로 통일되는 문제가 있을 수 있다. 그럴 때는 [파일]>[옵션]>[보안 센터]>[보안 센터 설정]>[개인 정보 옵션]..

정리 Human fecal metagenome samples에 존재하는 short read를 gene이나 protein DB에 매핑하여 어떤 기능을 할 수 있는지 알아낼 수 있다 (이때 mapping 전에 assemble을 먼저 진행하면 abundant members 쪽으로 bias가 생길 수 있으니 지양). 이때 short read가 어떤 기능을 하는지 찾을 때 sequencing 전후 결정이 큰 영향을 미칠 수 있다 -> 이를 정리 DIAMOND를 사용하여 매핑 시 (functional profiling), 1) longer reads + 큰 sequencing depth (PE150 format), 2) stricter e-value thresholds (180-250 bp일 때), 3) custo..

Shotgun metagenomic samples을 분석하여 어떤 세균 구성으로 되어있는지(metagenomic taxonomic profiling) 알아내는 여러 종류의 툴이 존재한다. 이를 각각 알아보고자 한다. 참고로 NBCI에서 raw data를 받은 이후에 quality control (QC)은 일반적으로 필요하다 (Trimmomatic 등으로 human reads 제거 등). 한편 paired-end joining 단계는 보통 필요 없는데, 이는 profling tool 자체가 joining이 되지 않은 두 파일을 각각 받을 수 있기 때문에 생략 가능하다. MetaPhlAn 3 MetaPhlAn 3는 bioBakery 3에 포함된 abundance estimation program이다. Met..

NCBI Sequence Read Archive (SRA)는 마이크로바이옴 데이터(raw sequencing data 및 alignment information)가 저장된 데이터베이스이다. 웹페이지에서 Experiment Accession을 검색하면 해당 실험에 포함된 run file을 다운로드 받을 수 있다. FASTA/FASTQ : Download : Sequence Read Archive : NCBI/NLM/NIH trace.ncbi.nlm.nih.gov fastq-dump 한편, Linux 환경에서 특정 프로그램을 사용하여 다운로드 받을 수도 있는데, 그때 사용하는 프로그램이 fastq-dump이다. 그를 위해서는 SRA Toolkit을 설치해야한다. Linux 안에서 환경에 맞는 버전(아래 페이..

NIH Human Microbiome Project Human Microbiome Project (HMP)은 National Institutes of Health (NIH) Common Fund의 지원을 받아 진행된 프로젝트로, 마이크로바이옴과 사람 건강의 연관성을 이해하기 위해 다량의 human microbiome samples를 생성하였다. 크게 두 단계로 진행되었다. HMP1: 300명의 건강한 성인에서 다섯 군데 신체 부위(nasal passages, oral cavity, skin, gastrointestinal tract, urogenital tract)를 16S rRNA sequencing 및 shotgun sequencing으로 알아본 프로젝트. 16S rRNA sequencing을 바탕으..

자바는 객체 지향 언어이다. 그래서 클래스(Class)를 생성하고 이로부터 객체를 만들어 이용한다. 이때 클래스는 틀, 객체는 틀로부터 나오는 제품이라고 이해하면 된다. 이와 관련하여 헷갈리는 두 가지 개념이 있다: 추상 클래스(Abstract class)와 인터페이스(Interface). 이를 정리하면 다음과 같다. 추상 클래스는 틀을 만들어 두고, 이 틀을 기반으로 새로운 틀(자식 클래스)을 만드려는 목적 (상속). 인터페이스는 틀을 만들어 두고, 이 틀에 여러 가지 객체를 바꿔끼워가며 사용하는 목적 (다형성). "다형성(polymorphism)이란, 하나의 객체가 여러 가지 타입을 가질 수 있는 것을 의미"한다 (1). 물론 추상 클래스 (상속)을 다형성 측면에서 이용할 수 있기는 하지만, 인터페이..

삼항 연산자 자바에서 삼항 연산자를 사용하면 조건문을 더 간단히 표현할 수 있다. 삼항 연산자의 예시는 다음과 같다. public class Test public static void main(String[] args) { int num=8; String result = (num>10) ? "bigger than 10" : "smaller than 10"; System.out.println(result) // smaller than 10 } } break Label 중첩 for 문이 사용되었을 때 break Label을 사용하면 외부 for문 밖으로 나갈 수 있다. public class Test public static void main(String[] args) { Flag: for(int i=0; i