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JAR (Java ARchiv) 파일은 여러 자바 클래스파일 및 라이브러리를 하나로 압축한 파일로서, 프로그램 배포에 유용하게 사용될 수 있다. 이클립스를 활용하면 간단히 JAR파일을 생성할 수 있다. 먼저 main 메소드가 있는 클래스 혹은 프로젝트에 대해 [오른쪽 클릭]>[Export]를 누른다. 다음에서 JAR file을 클릭하여 [Next]를 누른다. [Next]를 누른다. [Save the description of this JAR in the workspace]를 설정하면 설정이 저장되어 다음 번에 더 빠르게 JAR 파일을 생성할 수 있다. 마지막으로 main 메소드를 가진 클래스 파일을 찾아 Main class로 지정하면 완료된다. 생성된 jar 파일은 아래의 command로 동작한다. $ ..

Shell commands의 중요성 Unix는 간단하고 굉장히 빠른 툴로 구성된다: 각각의 툴은 하나의 작업만 수행함. 이들의 조합으로 복잡한 작업을 해낼 수 있다. 파일에서 필요한 정보를 뽑거나 rough하게 확인할 때 유용하다: ex) GFF 파일 (General Feature Format)을 전반적으로 확인하는 등 Redirection (Shell operators: >, , (write to file) >를 사용하면 stdout의 내용을 파일에 적을 수 있다. Redirection: < (read from file) file1.sorted # 각 행의 개수 세기 $ sort file.txt | uniq –c # 각 행의 개수로 정렬 $ sort file.txt | uniq –c | sort –nr..

KEGG 데이터베이스에서는 유전자의 다양한 정보를 얻을 수 있다. 예를 들어, 사람의 GCLM 유전자에 대해 관심이 있다고 해보자. KEGG 홈페이지에서 해당 유전자를 검색하면 아래와 같은 결과를 얻을 수 있다. 검색 결과는 KEGG GENES와 KEGG ORTHOLOGY로 나뉘어진다. KEGG GENES는 여러 종(사람, 쥐 등)에서 존재하는 각각의 유전자들을 의미하고, KEGG ORTHOLOGY는 그러한 유전자들의 집단인 ortholog (한 조상으로부터 유래한 같은 기능의 유전자 집단)를 나타낸다. 즉, 사람에 존재하는 GCLM 유전자의 KEGG ID는 hsa:2730이며, 유전자가 속하는 ortholog의 KEGG ID는 K11205이다. 이때 KEGG GENES 중에 속하는 ortholog가 없..

구조가 src/main/java 내부에 자바 코드가 들어있는 형식으로 되어 있는 프로젝트가 있다면 maven project이다. 이는 이클립스에서 [File]>[Open project from file systems...]로 열면 작동하지 않을 수 있다. 대신 [File]>[Import]>[Maven]>[Exisiting Maven Projects]로 불러오면 프로그램을 수행할 수 있다. Reference https://www.python2.net/questions-148209.htm

Java 코드를 작성할 때 이클립스 (Eclipse IDE)를 사용할 수 있다. 이때 여러가지 설정을 추가로 해줄 수 있는데 아래와 같다. 테마 설정 눈 보호?를 위해 검은색 테마를 설정하고자 한다면 아래와 같이 할 수 있다. [Window] > [Preferences] > [Appearance] > [Theme] > [Dark] Build path 설정 이클립스에서 여러 프로젝트를 함께 다룰 수 있다. 이때 '프로젝트 A'의 내용을 '프로젝트 B'로 import 하고자 할 때는 Build path를 설정해줘야 한다. [프로젝트 B 우클릭] > [Properties] > [Java Build Path] > [Projects] > [Add...] > [프로젝트 A 추가] Java version 설정 특정 ..

Ant Build를 이용하면 Local에서 작성한 자바 코드의 클래스 파일을 Server 내부로 이동시킬 수 있다. 먼저 다음의 build.xml을 만든다. build.xml을 project1 폴더에 위치시킨 후, 이클립스(Eclipse IDE)에서 [오른쪽 버튼 클릭] > [Run as] > [Ant Build]를 누르면 /javaClass/에 자바 클래스 파일이 ftp를 통해 자동으로 들어간다. Ant Build 이후에는 java [package 명].[파일명]으로 server에서 실행이 가능하다. 만약 이클립스에서 특정 jar 파일이 없어서 Ant Build가 실행이 안된다면, 해당 jar 파일을 웹에서 다운로드+적절한 위치로 옮겨준 후, [Window] > [Preferences] > [Ant] ..

아래에서 metagenome과 metatranscriptome에 관해 정리된 그림을 확인할 수 있다. 먼저 샘플에서 DNA를 뽑은 이후에 목적에 따라 두 종류의 데이터를 얻을 수 있다. Amplicon data: 16S rDNA만 증폭한 데이터. 위 그림에서는 sequencing 이후에 16S rDNA를 뽑아서 분석하는 것처럼 묘사하였는데, 실제로는 일반적으로 sequencing을 할 때부터 16S rDNA만 증폭하여 amplicon data를 얻는다. Metagenome: 샘플에 존재하는 모든 sequence를 증폭한 데이터. Active microbes와 inactive microbes의 구분은 할 수 없다. 한편, 샘플에서 RNA를 뽑은 이후에도 두 종류의 데이터를 얻을 수 있다. 이런 분석을 하는..

Next generation sequencing (NGS)는 크게 Single-end sequencing, Paired-end sequencing, Circular consensus sequencing (CCS)로 구분할 수 있다. Single-end sequencing (Roche 454, Ion Torrents): DNA fragment의 한쪽 끝만 sequencing한다. Paired-end sequencing (Illumina): DNA fragment의 양쪽 끝을 sequencing한다. 이때 각 paried read 사이의 거리를 알고 있기 때문에 repetitive regions에 대하여 더 정확하게 alignment를 할 수 있다 (1). 한편, 아래 그림의 경우에는 read가 겹치는 ov..

Phylogenetic tree란? 계통수(phylogenetic tree)를 통해 다양한 분류군 간의 진화관계를 알 수 있다 (Sequences set이 있을 때, 이들의 다양성을 보여주는 가장 좋은 방법 중 하나이다). Phylogenetics에서는 계통수를 dendrogram이라고도 부른다 (1). 일반적으로 계통수는 1) 여러 종에서 유래한 marker gene sequences에 대해서 2) multiple sequence alignment (MSA)를 진행하고 3) 특정 phylogenetic method 및 4) 특정 모델을 사용하여 얻어진다. Phylogenetic methods는 아래와 같이 크게 distance-based와 character-based methods로 나뉜다. Dista..

ROC (Receiver Operating Characteristic) curve란 FPR (False positive rate)과 TPR (True Positive Rate)을 각각 x, y축으로 놓은 그래프이다. TPR과 FPR은 다음과 같이 정의된다. TPR (True Positive Rate): 1인 케이스에 대해 1로 바르게 예측하는 비율 (Sensitivity), 암 환자에 대해 암이라고 진단 FPR (False positive rate): 0인 케이스에 대해 1로 틀리게 예측하는 비율 (1-Specificity), 정상에 대해 암이라고 진단 이때 Sensitivity와 Specificity는 반비례한다 (Sensitivity와 1-Specificity는 비례). 모든 사람을 암이라고 진단: ..