정리
- 3가지 OTU-level flows (QIIME-uclust, MOTHUR, USEARCH-UPARSE)와 3가지 ASV-level (DADA2, Qiime2-Deblur, USEARCH-UNOISE3) 비교
- Sensitivity, Specificity, Degree of consensus 평가
- DADA2가 가장 sensitivity가 높았지만, specificity는 Qiime2-Deblur 및 USEARCH-UNOISE3보다 떨어짐. 그래서 highest possible biological resolution을 필요로하는 연구에 가장 적합 (closely related strains간의 차이 연구 등)
- USEARCH-UNOISE3가 resolution 및 specificity 측면에서 가장 균형이 좋았음.
- MOTHUR, USEARCH-UPARSE는 ASV methods보다 specificity가 떨어짐.
- QIIME-uclust는 spurious OTUs를 많이 생산하고, alpha-diversity 값을 높게 측정함. 사용 자제.
Reference
- Prodan, Andrei, et al. "Comparing bioinformatic pipelines for microbial 16S rRNA amplicon sequencing." PLoS One 15.1 (2020): e0227434.
728x90
반응형
'Study > Paper Summary' 카테고리의 다른 글
| [Article] AmpliCI: 새로운 ASV method (0) | 2021.02.15 |
|---|---|
| [Article] ASV methods 3가지 비교 (DADA2, Deblur, UNOISE3) (0) | 2021.02.15 |
| [Article] Microbiome Sequence Inference Methods 6가지 비교 (OTU, ASV) (0) | 2021.02.15 |
| [Article] 마우스 모델의 microbiota standardization을 위한 방법인 Co-housing과 Littermate의 비교 (0) | 2021.02.15 |
| [Article] High-fat diet와 Antibiotics가 Pre-IBD를 악화시키는 메커니즘 (0) | 2021.02.15 |