[Article] ASV methods 3가지 비교 (DADA2, Deblur, UNOISE3)

정리

• DADA2가 ASVs를 더 잘 찾아내지만, false positives일 가능성이 존재한다.
• UNOISE3가 DADA2와 Deblur와 비교하여 각각 1,200배, 15배 더 빠르다.
• 모든 방법이 General community structure에 대해서는 비슷하지만, 그 숫자와 alpha-diversity metrics는 꽤 다르다.
• Table 1에서 DADA2, Deblur, UNOISE3를 비교해놓았는데, 정리가 잘 되어 있다.
• UNOISE3는 USEARCH를 사야 사용할 수 있다 ($1,485... 학술용은 $885)/ 다른 프로그램들은 무료

 

Reference

• Nearing, Jacob T., et al. "Denoising the Denoisers: an independent evaluation of microbiome sequence error-correction approaches." PeerJ 6 (2018): e5364.