[Review] 마우스 실험의 재현성을 위해 고려되는 장내미생물 다양성

주요 내용

• Inbred genetically 'similar' mice (똑같지는 않다)라도 장내미생물은 여러가지 요인들(Vendor, facility 등)에 의해 달라질 수 있다.
• 장내 미생물의 다양성은 host의 표현형에 영향을 줘서 실험의 재현성에 영향을 미칠 수 있다.
• 하지만 그렇다고 다양성이 나쁜 것만이 아니다. 실험의 목적과 질문에 맞게 가장 효과적인 전략을 설정해야한다.
• Reducing variation (감소): Confounding 최소화 (Internal validity, Standardization). 이를 위해 Cohousing, Littermate-controlled experiments 방법을 사용할 수 있지만, 단점도 존재한다. 혹은 Germ-free mice에 microbial consortium을 colonizing하여 'isobiotic' mice를 만들어 사용할 수도 있다.
• Embracing variation (포괄): Generalizability 확보 가능 (External validity, Robustness).

참고

• Reproducibility를 3가지 종류로 정의할 수 있음: Inferential reproducibility (결론 유추의 재현성), Methods reproducibility (방법론적 재현성), Results reproducibility (실험 결과의 재현성) (Goodman, 2016)
• Scoping reproducibility: 재현이 되지 않을 때 오히려 좋아. 새로운 지식을 찾을 수 있음 (Leonelli, 2018)

Reference

• Witjes, Vera M., Annemarie Boleij, and Willem Halffman. "Reducing versus Embracing Variation as Strategies for Reproducibility: The Microbiome of Laboratory Mice." Animals 10.12 (2020): 2415.