[Article] 사람의 표현형적 특징과 장내미생물 간의 관계 연구

Summary

• 건강한 미국인 3409명을 대상으로 장내미생물을 분석함 (16S amplicon sequencing, V4, V3V4)
• edgePCA (microbiome-specific principal component analysis)를 적용해서 Bacteroidetes-Firmicutes 축과 Bacteroides-Prevotella 축을 확인함 (사람 장내미생물에 대한 main axis). [출처]
• Host phenotypic 특징을 microbiome diversity, microbial taxa, microbial pathways와 비교함.
• 샘플을 4개의 taxonomic clusters로 나눔: HF (high-Firmicutes), F (average-Firmicutes), B (Bacteroides), P (Prevotella).
• Microbiome associations patterns에 의해 host factors가 두 개의 그룹으로 나뉘는 것을 확인: Health-related group과 disease-related group (아마 두 개의 그룹으로 나눠지는 것을 확인한 후, host factors를 보고 건강한 쪽과 아닌 쪽으로 이름만 추가로 붙인 듯).
• Chemical DNA stabilizer인 'OMNIgene Gut'은 immdeiate freezing과 비슷한 정도로 몇 주에 걸친 온도 변화에도 샘플을 보존할 수 있다는 사실이 알려짐. [출처1, 출처2, 출처3]
• 각 샘플을 50,000 reads로 rarefy한 후 다양성 분석을 진행함.

 

Reference

Manor, Ohad, et al. "Health and disease markers correlate with gut microbiome composition across thousands of people." Nature communications 11.1 (2020): 1-12.