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라이브러리 설치 >> pip install mysql-connector-python 실행 코드 SELECT import mysql.connector con = mysql.connector.connect(host='URL', port='PORT', database='DBNAME', user='USER', password='PWD') cursor = con.cursor(dictionary=True) # True로 해야 row에서 column 이름으로 값을 불러올 수 있다. sql="SELECT * FROM table1 WHERE column1 = %s ;" cursor.execute(sql, ("value1",)) for row in cursor: print(str(row['column2'])) cursor..

(참고) Jupyter 실행과 관련해서는 아래 글을 확인하자 2021/02/08 - [Computer Science/Jupyter] - [Jupyter] 서버 환경에서 주피터 (Jupyter lab) 실행 및 연결 Jupyter에서 사용되는 커널(Kernel)은 프로그램 실행환경으로 이해하면 된다. Jupyter를 계속 실행시켜둔 채로도 우리는 커널을 바꿔가며 다양한 가상환경을 사용할 수 있는 장점이 있다. 이를 위해서는 먼저 다른 가상환경을 커널 리스트에 넣어주어야 한다. Python kernel 추가먼저 conda 가상환경 리스트는 아래 명령어를 통해 확인할 수 있다.conda env list > jupyter-env /user/bin/miniconda2/envs/jupyter-env > qiime2..

컴파일은 high-level language를 low-level language로 바꿔주어 excuatable file을 만드는 작업이다. 컴파일이나 다운로드 등을 통해 프로그램을 설치한 이후 바로바로 프로그램을 불러올 수 있도록 환경 변수($PATH)를 설정할 수 있다. $ export PATH=$HOME/bin:$PATH 위 코드로 $HOME/bin 내에 있는 프로그램을 $HOME/bin을 붙이지 않고도 바로 사용할 수 있다. 예를 들어, $HOME/bin 안에 fastqc가 있다면 기존에는 $HOME/bin/fastqc로 불러와야 했지만, 해당 명령어 입력 이후에는 fastqc로 바로 불러올 수 있다. 하지만 명령어를 통해서 $PATH를 수정하면 session이 끝나면 해당 정보가 사라진다. 그래서..

GNU? GNU is not Unix의 줄임말 처음 만들어진 운영체제(OS)인 Unix가 시장을 독점하고 있었기 때문에 자유롭게 프로그램을 개발하기 어려웠다 -> 이에 대한 반발로 나온 것이 GNU. GNU 프로젝트를 해볼 OS를 새로 찾아보자. Linux OS를 채택함 -> GNU 프로젝트에서 새로운 프로그램을 자유롭게 개발할 수 있게 되었다 (+소스코드를 오픈하여 공유). GNU/Linux의 자유 이념 4가지 1) 어떤 목적에서든 프로그램을 원하는 대로 돌릴 수 있는 자유. 2) 프로그램이 어떻게 작동하는지 공부하고, 원하는 대로 바꿀 수 있는 자유 (소스코드가 공유되는 것을 전제) 3) 프로그램을 재배포하는 것에 대한 자유. 4) 내가 수정한 프로그램을 재배포하는 것에 대한 자유. 굉장히 다양한 종..

Java application을 만들고 이를 이용할 때 진행상황을 표시해주면 내 작업이 어디까지 진행되었는지 알 수 있어서 편리하다. 이러한 진행 상황 표시는 Java 코드로 간단하게 나타내줄 수 있다. for(int i=0; i

gzip 예제 (.gz) gzip 파일이름 #gzip으로 압축하기 gzip -d 파일이름.gz #gzip 압축풀기 혹은 gunzip을 사용하여 압축을 풀 수 있다. gunzip 파일이름.gz #gunzip으로 압축풀기 gunzip -c 파일이름.gz #압축을 풀지 않은 상태에서 파일 출력 그런데 gzip은 굉장히 느리다. 대신에 더 많은 threads 사용하여 빠른 속도로 gz 압축을 할 수 있는 pigz가 있다. 굉장히 유용해서 요즘은 이것만 사용하는 느낌... pigz -p 20 file # threads: 20, returns fize.gz (delete the original file) zip 예제 zip -r directory.zip directory/ # zip 압축 unzip director..

프로세스 확인 $ ps -ef | grep [검색_키워드] $ ps -u [username] # 특정 유저의 작업 확인 프로세스 강제 종료 $ kill -9 [PID] $ pkill -u [username] # 특정 유저의 작업 모두 취소

DBMS와 관계형 DBMS 데이터베이스: 데이터의 저장공간 DBMS (DataBase Management System): 데이터베이스 관리 소프트웨어로, 대용량의 데이터를 관리할 수 있고 여러 사용자가 공유 가능하다. 그 종류에는 관계형 DBMS, NoSQL 등이 있다. 이를 그림으로 나타내면 다음과 같다. 그 중에서 관계형 DBMS(Relational DBMS, RDBMS)는 '테이블'과 '테이블 간의 관계'로 데이터베이스를 관리하는 소프트웨어이다. 관계형 DBMS의 종류에는 대표적으로 아래와 같은 것들이 있다. SQL(Structured Query Language)이란 관계형 DBMS에서 사용되는 언어로서, 표준 SQL이 존재한다. 표준 SQL을 바탕으로 각각의 관계형 DBMS가 고유의 SQL을 만들..

Problem java.sql.SQLException: The server time zone value 'KST' is unrecognized or represents more than one time zone. You must configure either the server or JDBC driver (via the serverTimezone configuration property) to use a more specifc time zone value if you want to utilize time zone support. Solution // String url = "jdbc:mysql://IP 주소/testDB?serverTimezone=Asia/Seoul"; String url = "jdbc:..

JDBC API란? 자바 어플리케이션에서도 직접 관계형 DBMS를 제어할 수 있다. 그러한 역할을 돕는 API (Application, Programming Interface, library, 도구)가 JDBC(Java DataBase Connectivity) API이다. 다양한 관계형 DBMS를 자바에서 제어할 수 있는데, 이를 위해서는 각각에 맞는 JDBC 드라이버를 먼저 설치해야 한다. 위 개념을 간단한 모식도로 나타나면 다음과 같다. JDBC API는 게임기 자체(닌X도 스X치), JDBC 드라이버는 게임칩(동X의 숲)이라고 생각하면 이해가 쉽다. JDBC API는 기본적으로 설치되어 있지만, 각 DBMS에 맞는 JDBC 드라이버는 추가적으로 설치해야 한다. 이 포스팅에서는 MySQL에 접속하는 ..