[Article] 마이크로바이옴 샘플 상온 보관 시 적용할 수 있는 방법

내용 구성

• Gammaproteobacteria (class) 등에 속하는 세균(IBD와도 연관)은 상온에서 더 쉽게 자라며, 상온 보관한 샘플에 영향을 미칠 수 있다.
• 위 논문에서는 상온에서 쉽게 자라는 세균의 리스트를 구하고, 그 세균을 profile에서 제외시킴으로써 correcting할 수 있다고 한다 (몇몇만 제거해도 충분하다고 설명함).
• 급냉동한 샘플과 상온에 두었던 샘플을 비교하여 세균 리스트를 구하였다.
• Type 1과 type 2 error 사이의 balance가 중요함 (Noisy data와 loss of data). 어느 정도로 candidate blooming bacterial taxa를 제거할지는 추가 분석하여 구해볼 수 있다: 어느 정도 제거했을 때 나이에 따라 다양성이 구분되는지 등.

 

참고

• Bloom: 특정 세균이 자라는 것.
• 분석 과정은 다음 URL에 나와있다: github.com/knightlab-analyses/bloom-analyses
• Filter는 비교하고자 하는 모든 샘플에 적용되어야 한다. Fresh-frozen 샘플에 적용했을 때는, 크게 바꾸지 않았음.
• 물론 "실제의" sequence까지도 제거되는 위험성이 존재한다: Escherichia coli 및 Citrobacter의 경우 실제로 존재했던 세균일 수 있지만, candidate blooming list에 포함되었기 때문에 제거.

Reference

• Amir, Amnon, et al. "Correcting for microbial blooms in fecal samples during room-temperature shipping." MSystems 2.2 (2017).