[생물정보학] Sequencing의 종류

Sequencing의 종류

1. Whole genome sequencing (WGS): Genome에 존재하는 variants (Single nucleotide variant, insertion, deletion/ Copy number variation)를 확인 가능 [3].
   1. Re-sequencing: 이미 서열이 알려진 genome을 다시 sequencing [1].
   2. De novo sequencing: 서열이 알려지지 않은 genome을 처음 sequencing [1].
2. Whole exome sequencing (WES): Coding region에 존재하는 variants를 확인 가능. WGS보다 저렴 [3].
3. Target-sequencing (Panel sequencing): 특정 유전자에 존재하는 variants를 확인 가능. WES보다 저렴 [3].
4. Whole transcriptome sequencing (Bulk RNA-seq): RNA abundance levels를 측정 [1]. Differentially expressed gene (DEG) 분석 가능 [3].
5. ChIP-seq: protein–DNA 사이 결합 sequence 확인 [1].
6. CLIP-seq (HITS-CLIP): protein–RNA 사이 결합 sequence 확인 [1]. UV로 RNA와 RNA binding protein (RBP) 간 cross linking이 일어나게 한다. 그후 nuclease를 처리하면 단백질과 결합되어 있던 부분의 RNA만 잘리지 않고 이를 sequencing하여 해당 부분의 sequence를 알 수 있다.
7. Ribo-seq (Ribosome profiling): mRNA 위에 ribosome이 올라가 있을 때 nuclease를 처리하여 ribosome footprint (Ribosome에 의해 translation되고 있던 RNA regione)를 얻고 이를 sequencing한다. mRNA-seq과 동시에 진행한다면 mRNA 양이 어느 정도일 때 translation은 얼마나 되는지 등 translation 효율을 알 수 있고, translation이 mRNA의 어느 부분에서 일어나는지도 확인 가능하다 (Start/Stop codon 위치, ORF). Ribo-seq에서 나오지 않은 sequence는 noncoding transcript인 것도 확인할 수 있다.
8. Rep-seq (repertoire sequencing, immune repertoire sequencing, BCR sequencing, TCR sequencing): immune repertoires 특징 파악 (면역 세포의 variable region (epitope와 결합하는 부위)를 sequencing) [2].

 

참고 사항

1. WGS에서 copy number variation (CNV)은 reference에 mapping 되는 read의 수를 통해 예측된다. 즉, mapping이 더 많이 일어났다면 copy number가 더 많고, 더 적게 일어났다면 copy number가 더 적다는 식으로 예측을 한다. 이는 유전자 발현과는 직접적인 상관이 없기 때문에, 유전자 발현량을 확인하기 위해서는 WTS (RNA-seq)을 활용해야 한다.

 

Reference

1. Benichou, Jennifer, et al. "Rep‐Seq: uncovering the immunological repertoire through next‐generation sequencing." Immunology 135.3 (2012): 183-191.
2. https://www.creative-biolabs.com/suprecision/immune-repertoire-sequencing-service-for-cancer.htm?gclid=CjwKCAjwzOqKBhAWEiwArQGwaJ0yeXlMAO0uxM0PiUc87Dn9GZBpFIs-O78O9bGK2Gd5H9MDHScs8xoCS3sQAvD_BwE
3. http://www.genomesop.com/somatic-mutations/