정리
- UHGG (Unified Human Gastrointestinal Genome) collection: 4,644 종의 gut prokaryotes에서 유래한 204,938 genomes로 구성됨. 이 중 70% 이상은 culutred representatives가 없다.
- UHGP (Unified Human Gastrointestinal Protein) catalogue: 위의 genomes가 encoding하는 >170 M protein sequences로 구성됨. 이 중 40% 이상은 functional annotations가 없다.
- 여러가지 studies에서 human gut microbiome 데이터를 받아서 진행한 프로젝트.
- Isolate genomes, MAGs 차이점: Microbiome sample에서 genome을 찾았을 때, 1) 기존에 culture를 통해 알려진 genome과 match가 되면 isolate genome, 2) 그렇지 않다면 MAG (metagenome-assembled genome)이라고 한다.
Reference
- Almeida, Alexandre, et al. "A unified catalog of 204,938 reference genomes from the human gut microbiome." Nature biotechnology 39.1 (2021): 105-114.
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