[Article] SARS-CoV-2에 대한 굉장히 효율적인 진단 및 Genotyping을 위한 실험 방법

정리

• Generalized version of the RNAmediated oligonucleotide Annealing Selection and Ligation with next generation DNA sequencing (RASL-seq) assay, called “capture RASL-seq” (cRASL-seq)에 대한 내용.
• 위 방법을 사용하면 기존의 방법보다 후러씬 간단하게 COVID-19 환자를 진단할 수 있다.
• 그리고 genotyping까지 가능하기 때문에 바이러스가 어떻게 퍼지는지 추론할 수도 있다.
• 이는 RNA를 capture할 때 cDNA로 바꿔준 후 capture하는 것이 아니라 RNA 상태에서 바로 capture하는 방법이다.
• 각 pathogen을 capture하기 위한 probe(DNA)를 만들어 준 후, sample (may contain RNA viruses)에 다 함께 hybridization을 시켜준다 (Chimeric DNA-RNA ligation).
• 이때 bead를 사용하여 hybridization이 일어난 complex만 남긴다.
• 그후 PCR을 통해 amplification (cDNA)을 진행하고, NGS로 sequencing한다.

 

Reference

• Credle, Joel J., et al. "Highly multiplexed oligonucleotide probe-ligation testing enables efficient extraction-free SARS-CoV-2 detection and viral genotyping." Modern Pathology (2021): 1-11.