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정리 위 논문은 Meta-Apo라는 tool을 개발함. 기존 PICRUST2 같은 프로그램도 16S rRNA gene amplicons를 이용하여 funtional profile을 예측 가능했지만, 정확도가 낮았다. Meta-Apo는 같은 microbiome speciment에서 유래한 shotgun WGS와 16S-amplicon 데이터를 학습시켜서, amplicon data로부터 더 정확한 functional profile을 도출할 수 있는 프로그램이다. Reference Jing, G., Zhang, Y., Cui, W. et al. Meta-Apo improves accuracy of 16S-amplicon-based prediction of microbiome function. BMC Genom..

내용 구성 Low-dose로 Salmonella Typhimurium을 접종했더니, C57BL/6J mice가 다른 Vendor에서 구매한 mice(C57BL/6NCrl, C57BL/6NHsd, C57BL/6NTac)에 비해 더 취약했다. [현상 발견] Genetic differences가 위 차이를 가져왔는지 검정해보기 위해 C57BL/6J와 C57BL/6NJ 비교 (모두 Jackson에서 판매) -> 둘이 비슷한 결과 -> Genetics가 영향을 미친 것이 아니구나! [원인 분석 1] Gut Microbiota 차이에 의해서 발생했다는 사실을 알아냄: Germ-free Swiss Webster mice에 FMT 수행했을 때 donor와 Salmonella infection에 있어 비슷한 양상을 보였..

주요 내용 Inbred genetically 'similar' mice (똑같지는 않다)라도 장내미생물은 여러가지 요인들(Vendor, facility 등)에 의해 달라질 수 있다. 장내 미생물의 다양성은 host의 표현형에 영향을 줘서 실험의 재현성에 영향을 미칠 수 있다. 하지만 그렇다고 다양성이 나쁜 것만이 아니다. 실험의 목적과 질문에 맞게 가장 효과적인 전략을 설정해야한다. Reducing variation (감소): Confounding 최소화 (Internal validity, Standardization). 이를 위해 Cohousing, Littermate-controlled experiments 방법을 사용할 수 있지만, 단점도 존재한다. 혹은 Germ-free mice에 microbia..

Summary 건강한 미국인 3409명을 대상으로 장내미생물을 분석함 (16S amplicon sequencing, V4, V3V4) edgePCA (microbiome-specific principal component analysis)를 적용해서 Bacteroidetes-Firmicutes 축과 Bacteroides-Prevotella 축을 확인함 (사람 장내미생물에 대한 main axis). [출처] Host phenotypic 특징을 microbiome diversity, microbial taxa, microbial pathways와 비교함. 샘플을 4개의 taxonomic clusters로 나눔: HF (high-Firmicutes), F (average-Firmicutes), B (Bacte..