[QIIME2] QIIME2의 핵심 개념 소개

Data files (Artifacts와 Visualizations)

• 데이터 파일은 Artifacts(.qza)와 Visualizations(.qzv)로 구분됨.
• Artifacts는 data와 metadata를 포함하는 것으로, 일반적인 data에서 artifacts로의 importing, artifacts에서 data로의 exporting이 가능함.
• Visualizations는 최종 결과물로서, 시각적으로 데이터를 확인할 수 있는 파일이다.
• https://view.qiime2.org에서 데이터를 쉽게 확인해볼 수 있다.

 

 

Semantic types

Artifiacts는 고유의 semantic types를 가지고 있는데, 어떤 분석에 사용되는 artifacts인지 나타내주는 라벨이라고 생각하면 된다. 예를 들어, distance matrix를 input으로 받는 분석의 경우, distance matrix를 semantic types으로 갖는 artifacts가 input으로 들어간다.

 

 

Plugins

• 각 상황에 맞는 플러그인을 설치해서 분석을 진행할 수 있다.
• 플러그인에는 method와 visualizer가 정의되어 있다.
• Method는 artifacts와 parameters를 받아서 새로운 artifacts(한개 이상)를 반환한다.
• Visualizer는 artifacts와 parameters를 받아서 하나의 visualization을 반환한다.

 

Reference

• docs.qiime2.org/2020.11/concepts/