숫자로 보는 생물학 (Numbers in Biology)

Related to Genome

• 사람 유전체에 존재하는 protein coding genes의 수: 21,306 genes (1) (전체 유전체의 1% 가량)
• Human gene의 길이: 50-100kb
• Human gene이 평균적으로 가진 exons의 수: 6-9 exons
• 사람 exon의 평균적 길이: 200-300b
• 사람 intron의 평균적 길이: 5-10kb
• 사람의 유전체 길이: 6.4 billion base pairs (diploid 기준) (3)
• 대장균 (Escherichia coli)의 유전체 길이: 4.6 million bases (2)
• 세균의 유전체 길이: 0.5~16 million bases

 

Related to Metagenome

• 세균의 16S rRNA gene의 길이: ~1,500 bp
• 세균 16S rRNA gene의 V4 region 길이: 254 bp
• Shotgun sequencing read length (Illumina): ~150 bp
• 사람 몸에 존재하는 미생물의 무게: 사람 체중의 1~3% (4)
• 사람 몸에 존재하는 미생물의 수: 사람 세포의 10배 (5) (사람 세포는 30조 개, 미생물은 38조 개라고 하기도 한다)
• 장내 미생물 유전자의 수: 330만 개
• 파일 사이즈: Amplicon sequencing (Illumina paired: 한 쪽당 5~40 MB, read 수 5만-10만), Shotgun sequencing (1~5 GB, 500만-2000만)

 

 

Reference

1. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/332825v2.abstract
2. https://academic.oup.com/gbe/article/5/9/1702/557855
3. https://www.veritasgenetics.com/our-thinking/whole-story/
4. https://www.hmpdacc.org/hmp/overview/