[용어 설명] Metagenome과 Metatranscriptome

아래에서 metagenome과 metatranscriptome에 관해 정리된 그림을 확인할 수 있다.

https://www.researchgate.net/figure/Laboratory-work-flow-for-metatranscriptome-analysis-A-general-overview-of-the-different_fig1_323649514

먼저 샘플에서 DNA를 뽑은 이후에 목적에 따라 두 종류의 데이터를 얻을 수 있다.

• Amplicon data: 16S rDNA만 증폭한 데이터. 위 그림에서는 sequencing 이후에 16S rDNA를 뽑아서 분석하는 것처럼 묘사하였는데, 실제로는 일반적으로 sequencing을 할 때부터 16S rDNA만 증폭하여 amplicon data를 얻는다.
• Metagenome: 샘플에 존재하는 모든 sequence를 증폭한 데이터. Active microbes와 inactive microbes의 구분은 할 수 없다.

한편, 샘플에서 RNA를 뽑은 이후에도 두 종류의 데이터를 얻을 수 있다. 이런 분석을 하는 목적은 active microbes의 정보를 얻기 위함이라고 한다. 즉, RNA는 DNA보다 불안정하기 때문에 샘플에 존재하는 RNA는 active microbes로부터만 왔다고 생각할 수 있다.

• 16S rRNA metatranscriptome: Active microbes의 16S rRNA sequence reads를 확인할 수 있다.
• Metatranscriptome: Active microbes의 mRNA sequence reads를 확인할 수 있다.