[Article] BioFENCE: 네트워크에서 bistable toggle network를 찾는 알고리즘

정리

• 위 저자들이 bistable toggle network 찾는 알고리즘 (BioFENCE)를 만들고, 이를 Yeast에 적용하여 6개의 알려진 network와 5개의 알려지지 않은 네트워크를 찾았다는 내용 (실험으로도 검증)
• Toggle network란 아래 그림의 파란색 부분으로서, n개의 protein node로 구성된 nonredundant directed loop을 말한다 (with even number m inhibitory edges, n-m activating edges).
• Toggle network가 bistable하다는 것은: 1) C를 넣어주면 A activation되면서 계속 [A: 많음, B: 적음] 상태로 유지되고, 2) D를 넣어주면 B가 activation되면서 계속 [B: 많음, A: 적음] 상태로 유지되기 때문이다.

n=5, m=2, n-m=3

Reference

• Mishra, Deepak, et al. "An engineered protein-phosphorylation toggle network with implications for endogenous network discovery." Science 373.6550 (2021).